Mendeleyがもたらす研究革命?

TwitterでMendeleyのことについて盛り上がったのでちょっと書いてみます。

まず、Mendeleyが革命的だということは、このWIRED NEWSの記事を読んでもらえると分かると思います。

どうです?革命感がひしひしと伝わってくるでしょう。・・・実際に何ができるかは読んでもよくわからないのですけれど。Mendeleyは、非常に簡単にいうと無料の文献整理ソフトです。EndNoteを使ったことがある人なら、それと同じことができるソフト、しかもタダです。

余談ですが、私はこれまで「さあ(久しぶりに)論文を書き始めるぞ!」と思ってEndNoteを立ち上げようとしたら、OSのバージョンが新しくなっていてひらかなくなってまた高額の新しいバージョンのEndNoteを買わなければならない、それがしかもラボメンバー皆で・・・と何度も苦しめられてきました。ただこのEndNoteやっぱり便利、というか一度使ったらもうやめられないんですよね。いろいろな学術雑誌もEndNote用のフォーマットのファイルを提供していてべったりですし、そうやって殿様商売をしてきたEndNote、ついにその牙城が崩される時が来ました(ざまあみろ)!!

その使い勝手の良さは、いろんなブログで紹介されています。「Mendeley 使い方」でGoogleって見てください(例えばこのページ)。ですからここでは細かくは紹介しませんが、使ったことのない人にEndNoteにはない(最新版は知りません)便利さを説明すると、

「論文のPDFファイルをMendeleyにドラッグするだけで、中身の情報を全部吸い取ってデータベース化してくれる!!」

「PubMedやJournalのウェブページで、Mendeleyのブックマークレットをポチッとするだけで、その情報を全部吸い取ってデータベース化してくれる!!」

ってことですかね。まずは。この情報入力の便利さは凄まじいものがあります。Mendeley上でPDFファイルもそのまま見れますし検索も出来ますから、「これ後で読みたい」とおもった論文はとにかく突っ込んでおいたら良いのです。この他、MendeleyにはSNSとしての機能がありますから、研究者同士で論文をシェアすることもできます(この辺がもっとも「革命」の部分なのでしょう)。文献の管理はすべてMendeleyにお任せ、一気に楽になりますし情報が有機的になります。

そして、EndNoteユーザーにとってはこれが最も重要な機能なのですが、

「学術論文フォーマットに沿って文献リストを作ってくれる」

ということも(当然)できるのであります。ただし、これは今のところパーフェクトではありません。EndNoteほど「痒い所に手が届く」とはいかない感じがします。以下に私の最近の苦労話を書きたいと思います。

文献のWord文書への挿入、EndNoteではドラッグドロップであっという間ですが、Mendeleyはプラグインを呼び出してMendeleyから指定してやる。簡単といえば簡単なのですがEndNoteユーザーだったら「イラ」っとするでしょう。

そうやってイライラしながら文献が入りました。次にCitation Listを作ります。これが各学術誌ごとに違うので、一番の大きな「くせ者」となります。まさに「EndNoteさまさま」な部分です。MendeleyにもCitation Styleは大量に準備されていますが、EndNoteには遠く及びません(ちなみにこのページを見ると、「Citation Styleってどれだけあるねん!!」と叫びたくなると思います)。ここに自分の投稿先の雑誌があれば問題ないですが、ないと似たフォーマットの学術誌を探すのにひと苦労します(Zotero Style Repositoryが探すのに便利です)。

見つからない場合には、例えば先ほど紹介したページのつづき(以下)のような苦労を強いられます。

テキストとして貼り付けた文献リストをAPAスタイルを日心の投稿規定に沿った引用形式にするには,以下の3点を直してください
1.雑誌名を斜体
2.号数を太字にし,巻数があれば消す
3.doiやretrieved fromなどの情報を消す
4.全角2文字分のぶら下がりインデント

 

これちょっと面倒くさいですよね。EndNoteではいらない作業ですよね。文献が100個とかあったら途中でくじけそうになります。私も今回書いていた学術誌(招待だったので最初から書く学術誌は決まっていました)のCitation Styleがなかった!しかもなんだか変なフォーマットだった!!さらに、EndNoteにはその学術誌のCitation Styleが提供されていた!!!・・・招待じゃなきゃ投稿しないかも。

「こんな便利なソフトなのに、最後は手直しですか!!」とGoogleってみますと、Citation Styleを自作すれば対応できる事が判明しました。そこではじめて、Citation Style Language (CSL) 等という物があることを知りました。これを直せば、上記の「手直し」はほぼ回避することができます。

「雑誌名を斜体にしたり、号数を太字にしたり、巻数をのせないようにしたり、doiやらなんやらをのせないようにしたり」、というのは、全部各学術誌用のCitation Styleに書いてあるので、そこをカスタマイズすれば自動でやってくれます。別にこれはCSLを全部知らなくてもいろいろな学術誌用のCitation Styleからとってくればだんだん分かってきます。

ふー。これでようやく「文献リスト挿入!」となる訳です。文献リストの挿入事態は、Mendeleyでもワンクリックですが、フォーマッティングに時間がかかり、これでまたすこし「イラ」っとします。

そして完成かと思いきや、学術誌名が省略形になっていない!例えば、Molecular Systems Biologyというシステムバイオロジー界のキングジャーナルがありますが(先日これに論文を発表したからいっているのですが)、長過ぎるので文献リストには、Mol. Syst. Biol. と省略されるのが一般的です。これ実はちゃんと先ほどのCitation Styleで指定できるはずなのです、というか「指定されているのにできていない」のです。

「・・・ついにMendeleyでのパーフェクトな文献リスト作成はあきらめる時が来たのか」とくじけそうになりました、しかし「こんな不便なはずはない」というのがこういういいソフトの設計原理です。どっかに解決策があるはずです、ここまで来ると日本語の解説は見つからなくなってきます。

MendeleyのSupportページにお世話になります(これもGoogle検索でたどり着いたのですが)。はい、これはバグ(プログラムエラー)でも何でもなくて「仕様」なんですねぇ。というか最近できるようになったんだけどあんまり宣伝されてないんだと。そんなに難しくないんです。私と同じ問題にぶち当たった方は上記の記事をよんだら理解できるレベルだと思います。

ただし、雑誌名の対応(ここから一部入手できます)が「Case Sensitive」であることに注意してください。

・・・なぜここまで書き進めてきたか、

それは、「Case Sensitiveな問題もクリアーしたMendeley用の(特にライフサイエンスの)学術誌のパーフェクトな省略表」をどなたかもっていませんか?という呼びかけをしたかったからです。

・・・というようなメンドクセーことを自動で全部やってくれてるEndNoteは、やっぱりいいソフトといえるのかもしれません。でも私はもうEndNoteは買いません。Mendeleyと(一緒に?)戦います。

長々とおつきあいいただきありがとうございました。

2012.8.5追記

文献リストを作るときにどうしても認識してもらえない文献が複数あり、Mendeleyのサポートに問い合わせても原因はわからず。文献リストを作るときには、Mendeleyは未だに厳しいです(少なくとも私の環境では)。情けない話ですが、最近は結局大学が契約しているEndNote Webで文献リストを作っています。このソフトの頑健性にはやっぱり勝てません・・・。

 

 

(Visited 815 times, 1 visits today)

Leave a Comment

メールアドレスが公開されることはありません。 * が付いている欄は必須項目です

このサイトはスパムを低減するために Akismet を使っています。コメントデータの処理方法の詳細はこちらをご覧ください