NBRP-yeastから分与されているgTOW6000クローンについての情報を掲載したページです。

 

遺伝子名等でデータシートを検索します。

 
 

gTOW6000とは?

  • gTOW6000は、出芽酵母の全遺伝子(約5700)のプラスミドコレクションです。各遺伝子のコピー数の上限をgTOW法で解析するために作成しました。
  • 各遺伝子は、プラスミドベクターpTOWug2-836にクローンされ、そのプラスミドをもつ酵母BY4741株としてストックされています
  • 各遺伝子につき2つのクローンがストックされています。90%以上の遺伝子についてクローンが存在します。gTOW6000データシートよりどの遺伝子がクローンできているか確認できます。
  • クローンはPCRによってインサート長を確認してあります。制限酵素処理によるインサートの確認や塩基配列の決定は行なっていません。
  • 参考文献
     

gTOW6000を利用したい方は

  • 個別の遺伝子の情報は、gTOW6000データシートをご覧ください。
  • gTOW6000は、NBRP-yeastから入手可能です。
    • NBRPでは、各遺伝子がプレート上の位置で管理されています。例:"BYgTOW00A01"(=プレート0番のA01にある遺伝子)。
    • データシートでクローンが存在していることになっているものも、保存の過程で失われている遺伝子もあります(NBRPにお問い合わせください)。
    • データシートでは取得できていないクローンでも、後日取得に成功している遺伝子もあります(守屋までお問い合わせください)。
  • gTOW6000の作成に用いたプライマーセット、もしくはそれで増やした遺伝子セットを利用したい場合には、ご連絡ください(共同研究としての対応になると思います)。

問い合わせ先:岡山大学・守屋 hisaom at cc.okayama-u.ac.jp(at は@に置換してください。)

 

gTOW6000の作製法

gTOW6000scheme.png

1. ゲノム上の各遺伝子をプロモーターとターミネーターを含むようにプライマーを作成
2. PCRで標的遺伝子を増幅
3-4. PCR産物をpTOWug2-836に、酵母菌(BY4741 株)内でのGap-Repair Cloningによりクローニング、96穴プレートでトランスフォーメーション
5. 各遺伝子につき2つのコロニーをピックアップ
6. 静置培養
7. 両者からDNA調整
8. PCRによりインサートをチェック(PCR産物のサイズ照合)
9. PCRにより確認されたインサートのサイズが、予想されるものと一致しない場合には、プライマーの再設計、更なるコロニーの取得を行い、2-6を繰り返す(落ち穂拾い)。

PCRにより予測されるサイズのインサートを持つプラスミドを持つ酵母をストックし、gTOW6000クローンとした。

 

gTOW6000データシート

 

データシートの見方

  • Serial#:クローニングするORFに対し付けた通し番号(1-5806)
  • Locus:SGDの「Systematic Name」に相当
  • Gene:SGDの「Standard Name」に相当
  • Plate#:当該ORFをクローニングしたgTOWプラスミドを持つ株のフリーズストックが収められたプレートの番号(0-60)
  • Row:フリーズストックのプレート内の位置(行)
  • Column:フリーズストックのプレート内の位置(列)
  • Well#:フリーズストックのプレート内の位置(96穴プレートのA1を1、H1を8とし、H12まで付けた通し番号)
  • Chr:当該ORFが存在する染色体の番号
  • Primer name_Up_:上流プライマー名
  • Up Primer:上流プライマー配列
  • Primer name_Down_:下流プライマー名
  • Down Primer:下流プライマー配列
  • Size:プライマーで増幅されるPCR産物のサイズ(bp)
  • 1stPCR evaluation:標的遺伝子のPCRによる増幅の結果を評価したもの(A-G:良い方から悪い方へ7段階)
  • Clone1:クローン1のインサート確認PCR結果(P:目的サイズのインサートあり、N:目的サイズのインサート無し)
  • Clone2:クローン2のインサート確認PCR結果(P:目的サイズのインサートあり、N:目的サイズのインサート無し)
 

  • gTOW6000は以下の組織に所属する研究グループによって開発されました。
    • 岡山大学異分野融合先端研究コア・守屋研究室
    • 癌研究所・システムバイオロジー部
    • NPOシステムバイオロジー研究機構
  • gTOW6000の開発にあたっては以下の研究助成金が利用されています。
    • 科学技術振興機構ERATO-SORST北野共生システムプロジェクト
    • 科学技術振興機構さきがけ
 

Last-modified: 2017-08-26 (土) 22:46:02 (479d)