ソフトウェア

ソフトウェア†

私が研究用に使っているソフトウェアの中で特に役に立つと思われるものを紹介します（2008年8月時点での最新バージョンです）。

フリーウェア†

• ApE (A plasmid Editor)：v1.12
  DNA配列解析の統合ツール。「これでフリーなの？」と驚くほどの出来です。私が利用してきたこのようなソフトとして、研究室の教授が作ったツール -> GENETIX（有料） -> DNAstrider（フリー） -> DNAstar（有料）と変遷してきましたが、 有料のソフトは場所が変わるたびに手に入らなかったりするし、DNAstriderはがシンプルすぎるのでDNAstriderからの移行を考えていました。ApEはDNAstrider形式のファイルも読めるし、非常に多機能で使い勝手がよくおすすめです。作者が開発をやめたと宣言しているのだけが心配です（Lepardでは不調です）。

• CellDesigner：v4.0
  私が以前所属していたシステムバイオロジー研究機構で開発されている、システムバイオロジー統合ツール（とでも言っておきます）。細胞内の分子ネットワークを「誰が読んでも理解できる（というコンセプトの）」方法で記述、それに反応式・生化学パラメータを入力して数理モデル化、さらにそのモデルを数値シミュレーション、といった事が可能です。

  CellDesigner使用日記

• SBW（Systems Biology Workbench)：v2.7.7
  こちらが本来システムバイオロジーの統合ソフトというコンセプトのもので、CellDesignerとあわせて使うべきものだったのですが、CellDesigner単独で機能が増えてきてあまり必要なくなりました。これをインストールする事でついてくるJarnacは使い勝手のよい数値シミュレーションソフトです。

• XPPAUT：
  数値解析のプロのソフト。GUIが使いにくいのが難点。

• Oscill8：v2.0.9~ 分岐解析が割と簡単にできるソフトです。

• PukiWiki：v1.4.7
  このサイトを作るのに使っているコンテンツマネジメントシステム（wiki）。
  • paper_management.zip
    pukiwikiでPubmed IDからタイトル等を抜き出して表示するプラグイン
    

有料†

• Filemaker：
  言わずとしれたデータベースソフト。ラボ内情報（プラスミドや菌株など）や遺伝子情報の管理に使います。

• FlowJo：
  フローサイトメトリーデータ解析ソフト。１ライセンス30万円だが、フローサイトメトリーをやるなら絶対に「買い」のソフトです。

• Matlab：
  巨大な数値解析ソフトウェア。工学系の標準ソフトです。１年ごとのライセンス更新ですが、ソフトウェアとしては非常識に高いと生物系なら感じる価格です。

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