遺伝子の発現量を調べた研究

転写産物の量を決める要素（パラメータ）†

mRNAの分解速度を網羅的に調べた論文
Grigull J, Mnaimneh S, Pootoolal J, Robinson MD, Hughes TR., Genome-wide analysis of mRNA stability using transcription inhibitors and microarrays reveals posttranscriptional control of ribosome biogenesis factors., Mol Cell Biol. 2004 Jun;24(12):5534-47.

実際にはこれくらいの要素を加味しなければならない。
Hieronymus H, Silver PA., A systems view of mRNP biology., Genes Dev. 2004 Dec 1;18(23):2845-60.

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特定の蛋白質の発現量は、その合成と分解のバランスできまる。

Gygi SP, Rochon Y, Franza BR, Aebersold R., Correlation between protein and mRNA abundance in yeast., Mol Cell Biol. 1999 Mar;19(3):1720-30.
この論文では、150の遺伝子についてその転写産物と蛋白質の細胞内での存在量の比較を行った。その結果、これらの間にきちんとした相関が見られなかったという。つまりmRNAがたくさんあるからといって必ずしも蛋白質がたくさんある訳ではないということである。また、コドンバイアスと蛋白質の存在量にも相関は無かった。
これは必ずしも驚くべき事ではない。蛋白質の寿命（turn over rate）はそれぞれの蛋白質によって全く異なっているからである。たくさん合成されてすぐに分解される必要がある蛋白質もある。
気をつけなければならない事は、転写産物が沢山あるからといって、蛋白質がたくさんでいていると言っていい訳ではないという事である。ただし、転写が盛んであるという事は細胞システムはその遺伝子の発現に対してコストを払っている訳だから、その時に蛋白質が何らかの機能を果たしているという風に考えて問題は無いだろう。

Grigull J, Mnaimneh S, Pootoolal J, Robinson MD, Hughes TR., Genome-wide analysis of mRNA stability using transcription inhibitors and microarrays reveals posttranscriptional control of ribosome biogenesis factors., Mol Cell Biol. 2004 Jun;24(12):5534-47.
転写産物（mRNA）の安定性を網羅的に調べた研究。CCR4が出てくるぞ。

Belle A, Tanay A, Bitincka L, Shamir R, O'Shea EK., Quantification of protein half-lives in the budding yeast proteome., Proc Natl Acad Sci U S A. 2006 Aug 29;103(35):13004-9.
ゲノムワイドなTAP-tagコレクションを用いて、定量的なウエスタンブロッティングによって、すべての蛋白質の分解速度を測定しようと試みた研究。結局実験誤差が大きすぎてそれぞれの蛋白質の分解速度をキチンと定量することはできなかったが、ざっくりとした傾向をつかむ事には成功している。

Ghaemmaghami S, Huh WK, Bower K, Howson RW, Belle A, Dephoure N, O'Shea EK, Weissman JS., Global analysis of protein expression in yeast., Nature. 2003 Oct 16;425(6959):737-41.
ゲノムワイドなTAP-tagコレクションを構築し、それを用いて定量的なウエスタンブロッティングによって、すべての蛋白質の絶対的な存在量を定量しよう試みた研究。TAPtagを用いた事によって存在量が変化した蛋白質はあるだろうし、すべての蛋白質が定量できている訳ではないが、やはり英雄的な仕事と言えるだろう。私としてはこのウエスタンブロッティングをどれだけのテクニシャンがどのようなスキームでやったのかの方が気になる・・・。

2010-01-24 (日) 00:00:00