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ひとえに酵母の「増殖検定」と言ってもやりかたはさまざまである。

例えば、遺伝子の過剰発現による毒性をゲノムワイドに調べた仕事をとってみても;

  • 寒天培地に3μLのスポットをして、決まった時間後にスポットの大きさを測る*1
  • 寒天培地に連続希釈した細胞液をスポットして、どの希釈まで細胞が生えるかを見る*2
  • 寒天培地に細胞液をピンスポットして、コロニーの成長速度を定量する*3
  • 液体培地で濁度を自動測定する*4
  • 液体培地で混ぜた細胞を競合培養し、バーコードを利用して脱落している細胞が持っている遺伝子を同定する*5

というふうにさまざまあり、それぞれに少しずつ結果が違うのでお互いを比べるのが難しかったりする。全部の検定で有意に増殖が悪い遺伝子というのは、間違いなく増殖を悪くする遺伝子なのだろうけど。

 

2013-10-03 (木) 18:28:34


*1 Gelperin DM, White MA, Wilkinson ML, Kon Y, Kung LA, Wise KJ, Lopez-Hoyo N, Jiang L, Piccirillo S, Yu H, Gerstein M, Dumont ME, Phizicky EM, Snyder M, Grayhack EJ., Biochemical and genetic analysis of the yeast proteome with a movable ORF collection., Genes Dev. 2005 Dec 1;19(23):2816-26.
*2 Sopko R, Huang D, Preston N, Chua G, Papp B, Kafadar K, Snyder M, Oliver SG, Cyert M, Hughes TR, Boone C, Andrews B., Mapping pathways and phenotypes by systematic gene overexpression., Mol Cell. 2006 Feb 3;21(3):319-30.
*3 Douglas AC, Smith AM, Sharifpoor S, Yan Z, Durbic T, Heisler LE, Lee AY, Ryan O, Göttert H, Surendra A, van Dyk D, Giaever G, Boone C, Nislow C, Andrews BJ., Functional analysis with a barcoder yeast gene overexpression system., G3 (Bethesda). 2012 Oct;2(10):1279-89.
*4 Makanae K, Kintaka R, Makino T, Kitano H, Moriya H., Identification of dosage-sensitive genes in Saccharomyces cerevisiae using the genetic tug-of-war method., Genome Res. 2013 Feb;23(2):300-11.
*5 Douglas AC, Smith AM, Sharifpoor S, Yan Z, Durbic T, Heisler LE, Lee AY, Ryan O, Göttert H, Surendra A, van Dyk D, Giaever G, Boone C, Nislow C, Andrews BJ., Functional analysis with a barcoder yeast gene overexpression system., G3 (Bethesda). 2012 Oct;2(10):1279-89.