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ここでは現在使われているコンピュータモデルとそのシミュレーションの概略を解説します。シミュレーションには対象とする生命現象や、その現象の何を知りたいかによっていろいろな方法があります。~

単純に制御関係をオンオフだけで表したブーリアンネットワークというものもありますし、代謝経路のシミュレーションでは代謝流束解析という手法が用いられます。

そのなかで細胞内のネットワークの時系列変化をモデル化する手法としては、常微分方程式系のモデルがよく使われます。

通常もモデリングのプロセスは以下のようになります。
+対象の生命現象に関わる遺伝子・蛋白質の機能的つながり(生化学反応)を模式図に記述する。
+それらの機能的つながりを、連立微分方程式で記述する。
+それぞれの要素の初期値、反応速度などのパラメーターを設定する(ここまでをモデリングという)。
+連立微分方程式を数値解析的に解く(シミュレーション)。

これを行うために、たとえば生物学者の感覚に近い模式図を書きながらモデリングを行い、シミュレーションソフトウェアに連結できる機能を持つ[[CellDesigner:http://celldesigner.org]]というソフトウェアがあります。

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