出芽酵母
をテンプレートにして作成
開始行:
*出芽酵母 [#h7929975]
#contentsx();
----
**酵母のゲノムワイド解析、データベースなど（作成中）2012....
出芽酵母でおこなわれた「ゲノムワイド解析」の例
-タンパク質の存在量をすべて測った（TAP-tagタンパク質を用...
-タンパク質の局在をすべて観察した（GFP-fusionを用いて）。
-ユビキチン化タンパク質の同定を試みた。
-代謝のデータベース [[YeastCyc:http://pathway.yeastgenom...
#br
**[[N-end rule:http://en.wikipedia.org/wiki/N-end_rule]]...
英語のWikipediaより転載~
-N-terminal residues - approximate half-life of proteins ...
-Met, Gly, Ala, Ser, Thr, Val - > 20 hrs (stabilising)~
-Ile, Gln - approx. 30 min (stabilising)~
-Tyr, Glu - approx. 10 min (destabilisiing)~
-Pro - approx. 7 min (destabilising)~
-Leu, Phe, Asp, Lys - approx. 3 min (destabilising)~
-Arg - approx. 2 min (destabilising)~
#br
**酵母がシステムバイオロジーのモデル細胞として優れている...
（まだまとまっていません）
-独立栄養で生きている。生存環境（生理条件）に近い状態で細...
-遺伝子の数が６０００。１つずつの遺伝子からは、基本的には...
-ゲノムがコンパクトで、１つ１つの遺伝子をプラスミドに取り...
-１塩基レベルでゲノムの遺伝子を改変できる。
-複数個の遺伝子を同時に改変できる。
-真核生物なので、セントラルドグマによる転写、翻訳プロセス...
**TAP-tagコレクション [#b8e5e56b]
２系統ある。EUROSCARFから分譲されているドイツのグループに...
前者の作り方は[[ここ:http://www.embl.de/ExternalInfo/sera...
**酵母のゲノム上の遺伝子（ORF）を増やすためのプライマーセ...
かつて、出芽酵母のゲノム上のすべてのORF（蛋白質をコードし...
ところが（？）、Research Genetics Inc.はInvitrogenに買収...
以下は参考文献
-&ref_paper(9414322);
***酵母のイントロンについて 090527 [#o4ad9f6d]
-出芽酵母の約4.5%の遺伝子がイントロンを持っている（全部で...
--適当な遺伝子１個が持つイントロンの平均数は、0.04個。
-分裂酵母は約45％の遺伝子がイントロンを持っている（全部で...
--適当な遺伝子１個が持つイントロンの平均数は、0.96個。
-以下、参考文献
--&ref_paper(15470237);
--&ref_paper(19334523);
#br
***Removable URA3 marker (hisG-URA3-hisG) 090707[#dfbb410d]
-&ref_paper(3305158);
***出芽酵母用のベクターについて 090427 [#o5ae4690]
-オリジンを持たないもの（ゲノムインテグレーション用プラス...
-CEN-ARS系（シングルコピープラスミド）...１系
-2ミクロン系（マルチコピープラスミド）...２系
-LYS2マーカーのプラスミド、[[pRS307、pRS317、pRS327:http:...
・・・といった情報が１つにまとまった[[ATCC:http://www.lgc...
***マイクロアレイ解析一番乗りは？ 090415 [#t55e06e5]
歴史をちょっと調べてみた。
-&ref_paper(7569999);~
どうもこれが最初、シロイヌナズナの45個の遺伝子を調べてい...
-&ref_paper(9381177);~
マイクロアレイによる「ゲノムワイド」解析はもちろん出芽酵...
#br
#ref(http://www.sciencemag.org/content/vol278/issue5338/i...
#br
**Whole Genome Duplication（WGD）081001 [#ye87bf6e]
出芽酵母 S. cerevisiaeとその近縁種のゲノム解析から、酵母...
以下の論文では、このWGDによって酵母のライフスタイル（酸素...
&ref_paper(16081737);
#br
#ref(http://www.sciencemag.org/content/vol309/issue5736/i...
#br
**'''S. cerevisiae'''のゲノム上のpseudogene（疑似遺伝子）...
-グルコーストランスポーター様 pseudogeneとしてHXT12が（私...
有名。
SGDでPseudogeneをサーチすると12個ほど候補遺伝子が出てくる...
-APT2/YDR441C（likely a pseudogene arising from duplicati...
-YOL153C（pseudogene because of two in frame stops in tra...
-YDR134C（putative pseudogene because of similarity to Fl...
**Marker Cassetteの秘密 [#heeb8157]
遺伝子導入に使うべく、いろいろとMarkerを調べていた。pKT12...
結局、A.gossypii TEF gene for translation elongation fact...
で、A. gossypiiだが、これが「Eremothecium gossypii is a p...
**Counter Selection 090427更新 [#e5b07716]
遺伝子が壊れたことを積極的に検出するマーカーのことをCount...
有名なところでは、'''URA3'''という遺伝子が壊れることで、...
その他にCounter Selectionに使えるマーカー遺伝子としては、
-'''FCY1'''（シトシンからウラシルを作るサルベージ経路で働...
-'''TRP1'''（トリプトファン合成酵素）：壊れると5-fluoroan...
-'''LYS2'''と'''LYS5'''（リジン合成系の遺伝子）：壊れると...
-[['''MET15'''：壊れるとメチル水銀耐性になる:http://www.b...
-Conuter Selectionを使ったゲノムへの遺伝子導入~
#ref(http://hismoriya.com/HMwiki/media/CounterSelectionIn...
**酵母株 [#d8fb41b3]
|X2180-1B|MATalpha SUC2 mal mel gal2 CUP1|慶応大学・西沢...
**Genome Deletion Collectionの株BY4741のGenotype 090604更...
&ref_paper(9483801);
-BY4741 MATa his3delta1 leu2delta0 met15delta0 ura3delta0
-BY4742 MATalpha his3delta1 leu2delta0 lys2delta0 ura3del...
--his3delta1 187 bp deletion HindIII–HindIII internal (30...
--leu2delta0 complete deletion
--lys2delta0 complete deletion
--met15delta0 complete deletion
--ura3delta0 complete deletion
HIS3以外はORFをすっぽり欠落させている。MET15は現在はMET17...
**myc-tag [#h79dac0e]
AEEQKLISEEDLL (Boldの部分がエピトープ） 9E10という抗体が...
**いちばんでかい蛋白質 [#r81f8681]
出芽酵母でSGDをサーチしたら、こいつがいちばんでかかった。...
YLR106C ORF: Verified MDN1 Huge dynein-related AAA-type A...
Length(aa) 4,910 MW(Da) 559,302
ちなみにSWISSPROTに登録されているものでもっともでかい蛋白...
SYNE1_HUMAN (Q8NF91)
Nesprin 1 (Nuclear envelope spectrin repeat protein 1) (S...
pI: 5.38, MW: 1011041.95
1メガダルトン！ だった。
** 酵母の薬剤による選択時の培地について [#rda3bcae]
[[この論文:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14764870]]...
培地のレシピ
-20g/L agar
-20g/L glucose
-1.7g/L yeast nitrogen base w/o ammonium sulphate and ami...
-1g/L monosodium glutamic acid
-2g/L amino acid drop-out lacking histidine and arginine ...
-Filtered-sterilized solutions of canavanine (50mg/l; Sig...
-Solid medium contained 2% agar
**これさえあれば全部わかる？酵母のプロトコル本 [#k0a47432]
Guide to Yeast Genetics and Molecular and Cell Biology (M...
Guthrie and Fink 編
**酵母からウエスタンブロット用の蛋白質を抽出する方法 [#a3...
[[これ。:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10861908]]
0.2N NaOHで細胞を5分処理して、SDS-PAGE loading buffer中で...
**出芽酵母の遺伝子破壊法 [#r95b99c3]
ダグに頼まれて、遺伝子破壊をおこなうためのプライマーを設...
以下のページは参考
Saccharomyces Genome Deletion Project
OpenBiosystems
以下のプライマーでカナマイシン耐性遺伝子カセット（破壊株...
-5'- ターゲット遺伝子の上流域（25ｂｐ以上） + CGTACGCT...
-5'- ターゲット遺伝子の下流域（25ｂｐ以上） + ATCGATGA...
選択に用いるG418の濃度は200μg/ml
今回はURA3を破壊するので作らなければならなかったが、ほと...
** 酵母研究者の祭典 [#q50c9d47]
毎年7月終わりから8月はじめにかけて、アメリカとヨーロッパ...
アメリカでは、"200X Yeast Genetics and Molecular Biology ...
ヨーロッパでは、"XXth International Confernce on Yeast Ge...
酵母（ほとんど'''S. cerevisiae'''）研究の最前線がみれてお...
**酵母のゲノムワイドコレクション（2005,12,14のブログから...
最近酵母のゲノムワイドな論文を見ないなと思っていたら、12...
一つは、Global analysis of protein phosphorylation in yea...
もう一個は、Biochemical and genetic analysis of the yeast...
両者とも、1999年～2001年あたりに報告されたゲノムワイドな...
網羅的なタグ付き蛋白質の歴史はおもしろい。
まず、1999年11月、GST融合蛋白質の網羅的セットをRockefelle...
ちなみにこのレビューでおもしろいのは、Kim Nasmythのコメン...
しかし、Snyderも負けてはいなかった（？）、2000年11月、GST...
ちなみに、2001年に渡米した私は、このSnyderのGSTキナーゼセ...
渡米した当時、世界初の網羅的GSTセット・Phizicky Arrayは、...
で、今回、2人ともがなかよく共著者に入った新しいArrayが発...
それにしてもアメリカってなんで同じNIHのグラントつかってる...
#br
[[酵母の情報]]へ
RIGHT:&lastmod();
終了行:
*出芽酵母 [#h7929975]
#contentsx();
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**酵母のゲノムワイド解析、データベースなど（作成中）2012....
出芽酵母でおこなわれた「ゲノムワイド解析」の例
-タンパク質の存在量をすべて測った（TAP-tagタンパク質を用...
-タンパク質の局在をすべて観察した（GFP-fusionを用いて）。
-ユビキチン化タンパク質の同定を試みた。
-代謝のデータベース [[YeastCyc:http://pathway.yeastgenom...
#br
**[[N-end rule:http://en.wikipedia.org/wiki/N-end_rule]]...
英語のWikipediaより転載~
-N-terminal residues - approximate half-life of proteins ...
-Met, Gly, Ala, Ser, Thr, Val - > 20 hrs (stabilising)~
-Ile, Gln - approx. 30 min (stabilising)~
-Tyr, Glu - approx. 10 min (destabilisiing)~
-Pro - approx. 7 min (destabilising)~
-Leu, Phe, Asp, Lys - approx. 3 min (destabilising)~
-Arg - approx. 2 min (destabilising)~
#br
**酵母がシステムバイオロジーのモデル細胞として優れている...
（まだまとまっていません）
-独立栄養で生きている。生存環境（生理条件）に近い状態で細...
-遺伝子の数が６０００。１つずつの遺伝子からは、基本的には...
-ゲノムがコンパクトで、１つ１つの遺伝子をプラスミドに取り...
-１塩基レベルでゲノムの遺伝子を改変できる。
-複数個の遺伝子を同時に改変できる。
-真核生物なので、セントラルドグマによる転写、翻訳プロセス...
**TAP-tagコレクション [#b8e5e56b]
２系統ある。EUROSCARFから分譲されているドイツのグループに...
前者の作り方は[[ここ:http://www.embl.de/ExternalInfo/sera...
**酵母のゲノム上の遺伝子（ORF）を増やすためのプライマーセ...
かつて、出芽酵母のゲノム上のすべてのORF（蛋白質をコードし...
ところが（？）、Research Genetics Inc.はInvitrogenに買収...
以下は参考文献
-&ref_paper(9414322);
***酵母のイントロンについて 090527 [#o4ad9f6d]
-出芽酵母の約4.5%の遺伝子がイントロンを持っている（全部で...
--適当な遺伝子１個が持つイントロンの平均数は、0.04個。
-分裂酵母は約45％の遺伝子がイントロンを持っている（全部で...
--適当な遺伝子１個が持つイントロンの平均数は、0.96個。
-以下、参考文献
--&ref_paper(15470237);
--&ref_paper(19334523);
#br
***Removable URA3 marker (hisG-URA3-hisG) 090707[#dfbb410d]
-&ref_paper(3305158);
***出芽酵母用のベクターについて 090427 [#o5ae4690]
-オリジンを持たないもの（ゲノムインテグレーション用プラス...
-CEN-ARS系（シングルコピープラスミド）...１系
-2ミクロン系（マルチコピープラスミド）...２系
-LYS2マーカーのプラスミド、[[pRS307、pRS317、pRS327:http:...
・・・といった情報が１つにまとまった[[ATCC:http://www.lgc...
***マイクロアレイ解析一番乗りは？ 090415 [#t55e06e5]
歴史をちょっと調べてみた。
-&ref_paper(7569999);~
どうもこれが最初、シロイヌナズナの45個の遺伝子を調べてい...
-&ref_paper(9381177);~
マイクロアレイによる「ゲノムワイド」解析はもちろん出芽酵...
#br
#ref(http://www.sciencemag.org/content/vol278/issue5338/i...
#br
**Whole Genome Duplication（WGD）081001 [#ye87bf6e]
出芽酵母 S. cerevisiaeとその近縁種のゲノム解析から、酵母...
以下の論文では、このWGDによって酵母のライフスタイル（酸素...
&ref_paper(16081737);
#br
#ref(http://www.sciencemag.org/content/vol309/issue5736/i...
#br
**'''S. cerevisiae'''のゲノム上のpseudogene（疑似遺伝子）...
-グルコーストランスポーター様 pseudogeneとしてHXT12が（私...
有名。
SGDでPseudogeneをサーチすると12個ほど候補遺伝子が出てくる...
-APT2/YDR441C（likely a pseudogene arising from duplicati...
-YOL153C（pseudogene because of two in frame stops in tra...
-YDR134C（putative pseudogene because of similarity to Fl...
**Marker Cassetteの秘密 [#heeb8157]
遺伝子導入に使うべく、いろいろとMarkerを調べていた。pKT12...
結局、A.gossypii TEF gene for translation elongation fact...
で、A. gossypiiだが、これが「Eremothecium gossypii is a p...
**Counter Selection 090427更新 [#e5b07716]
遺伝子が壊れたことを積極的に検出するマーカーのことをCount...
有名なところでは、'''URA3'''という遺伝子が壊れることで、...
その他にCounter Selectionに使えるマーカー遺伝子としては、
-'''FCY1'''（シトシンからウラシルを作るサルベージ経路で働...
-'''TRP1'''（トリプトファン合成酵素）：壊れると5-fluoroan...
-'''LYS2'''と'''LYS5'''（リジン合成系の遺伝子）：壊れると...
-[['''MET15'''：壊れるとメチル水銀耐性になる:http://www.b...
-Conuter Selectionを使ったゲノムへの遺伝子導入~
#ref(http://hismoriya.com/HMwiki/media/CounterSelectionIn...
**酵母株 [#d8fb41b3]
|X2180-1B|MATalpha SUC2 mal mel gal2 CUP1|慶応大学・西沢...
**Genome Deletion Collectionの株BY4741のGenotype 090604更...
&ref_paper(9483801);
-BY4741 MATa his3delta1 leu2delta0 met15delta0 ura3delta0
-BY4742 MATalpha his3delta1 leu2delta0 lys2delta0 ura3del...
--his3delta1 187 bp deletion HindIII–HindIII internal (30...
--leu2delta0 complete deletion
--lys2delta0 complete deletion
--met15delta0 complete deletion
--ura3delta0 complete deletion
HIS3以外はORFをすっぽり欠落させている。MET15は現在はMET17...
**myc-tag [#h79dac0e]
AEEQKLISEEDLL (Boldの部分がエピトープ） 9E10という抗体が...
**いちばんでかい蛋白質 [#r81f8681]
出芽酵母でSGDをサーチしたら、こいつがいちばんでかかった。...
YLR106C ORF: Verified MDN1 Huge dynein-related AAA-type A...
Length(aa) 4,910 MW(Da) 559,302
ちなみにSWISSPROTに登録されているものでもっともでかい蛋白...
SYNE1_HUMAN (Q8NF91)
Nesprin 1 (Nuclear envelope spectrin repeat protein 1) (S...
pI: 5.38, MW: 1011041.95
1メガダルトン！ だった。
** 酵母の薬剤による選択時の培地について [#rda3bcae]
[[この論文:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14764870]]...
培地のレシピ
-20g/L agar
-20g/L glucose
-1.7g/L yeast nitrogen base w/o ammonium sulphate and ami...
-1g/L monosodium glutamic acid
-2g/L amino acid drop-out lacking histidine and arginine ...
-Filtered-sterilized solutions of canavanine (50mg/l; Sig...
-Solid medium contained 2% agar
**これさえあれば全部わかる？酵母のプロトコル本 [#k0a47432]
Guide to Yeast Genetics and Molecular and Cell Biology (M...
Guthrie and Fink 編
**酵母からウエスタンブロット用の蛋白質を抽出する方法 [#a3...
[[これ。:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10861908]]
0.2N NaOHで細胞を5分処理して、SDS-PAGE loading buffer中で...
**出芽酵母の遺伝子破壊法 [#r95b99c3]
ダグに頼まれて、遺伝子破壊をおこなうためのプライマーを設...
以下のページは参考
Saccharomyces Genome Deletion Project
OpenBiosystems
以下のプライマーでカナマイシン耐性遺伝子カセット（破壊株...
-5'- ターゲット遺伝子の上流域（25ｂｐ以上） + CGTACGCT...
-5'- ターゲット遺伝子の下流域（25ｂｐ以上） + ATCGATGA...
選択に用いるG418の濃度は200μg/ml
今回はURA3を破壊するので作らなければならなかったが、ほと...
** 酵母研究者の祭典 [#q50c9d47]
毎年7月終わりから8月はじめにかけて、アメリカとヨーロッパ...
アメリカでは、"200X Yeast Genetics and Molecular Biology ...
ヨーロッパでは、"XXth International Confernce on Yeast Ge...
酵母（ほとんど'''S. cerevisiae'''）研究の最前線がみれてお...
**酵母のゲノムワイドコレクション（2005,12,14のブログから...
最近酵母のゲノムワイドな論文を見ないなと思っていたら、12...
一つは、Global analysis of protein phosphorylation in yea...
もう一個は、Biochemical and genetic analysis of the yeast...
両者とも、1999年～2001年あたりに報告されたゲノムワイドな...
網羅的なタグ付き蛋白質の歴史はおもしろい。
まず、1999年11月、GST融合蛋白質の網羅的セットをRockefelle...
ちなみにこのレビューでおもしろいのは、Kim Nasmythのコメン...
しかし、Snyderも負けてはいなかった（？）、2000年11月、GST...
ちなみに、2001年に渡米した私は、このSnyderのGSTキナーゼセ...
渡米した当時、世界初の網羅的GSTセット・Phizicky Arrayは、...
で、今回、2人ともがなかよく共著者に入った新しいArrayが発...
それにしてもアメリカってなんで同じNIHのグラントつかってる...
#br
[[酵母の情報]]へ
RIGHT:&lastmod();
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