成果発表/論文発表/gTOW6000論文第3章
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[[gTOW6000論文解説のページ・トップへ>成果発表/論文発表/gT...
#br
*第3章：gTOW6000のデータから何が分かったのか？ [#c67efc21]
**1. Dosage Sensitive Geneがもっている特徴 [#c59c0004]
さて、115個のdosage sensitive gene（DSG）が取得されました...
~
いろいろやった結果分かったことは、DSGがコードするタンパク...
~
次にこういう解析を行なったときによく使われるGene Ontology...
~
今回の解析でとれてきた115個の遺伝子をGO解析すれば、どんな...
~
一方で、例えば、代謝や遺伝子発現の転写制御、細胞内の信号...
~
こんな風に、私たちが得たDSG、わずかな過剰発現で細胞を殺し...
**2. 自分たちが同定した遺伝子で絵を描く（DSGのつながり） ...
上記の解析でだいたいDSGの特長というのは分かりました。しか...
~
このために、CytoscapeというソフトウェアをもちいてDSG遺伝...
#br
#ref(gTOW6000-6.png,wrap,center,60%)
#br
私はこういった方法でとれてきた遺伝子の機能をながめながら...
私としてはとてもきれいなネットワーク図がかけて満足しまし...
**3. やっぱりでてきた「遺伝子量不均衡」 [#pf3a0fcd]
「これこれこんなタンパク質をコードする遺伝子がDSGになりや...
~
もちろん、それぞれのタンパク質が過剰になったときに細胞を...
~
ここで問題にしたいのは、これら115個のDSGが、「なぜわずか...
~
その中ででてきたのが、遺伝子量不均衡もしくは、化学量不均...
~
そういう視点で見てみると、それぞれのDSGにはパートナー分子...
~
この実験は「パートナー探し」という呼び名がつけられ、研究...
~
またこれは、「元のレベルから何倍」という過剰発現を行なうg...
~
余談ですが、この実験の話をするときにプレゼンで使う図をお...
#br
#ref(gTOW6000-7.png,wrap,center)
#br
私は社交ダンスはやりませんが、ダンス業界では、女性のこと...
**4. それは一通のメールから始まった。 [#sbacd6c8]
少し本題から話がそれます。
研究者業界ではよくあることですが、シンポジウムなどで講演...
~
そのメールもシンポジウムでの発表の依頼でした。私は一度も...
~
招待のメールを下さったのは、遺伝子量バランスをバイオイン...
~
実はこの時すでに、上で述べた「遺伝子量バランスの乱れがDSG...
~
シンポジウムでお互いの発表を聞いて、私と牧野さんの2人は、...
**5. 「タンパク質負荷」古くて新しい概念 [#v6c6ef25]
遺伝子量不均衡は、DSGを生み出す原理の1つでした。それでは...
~
先にも述べたように、「そもそもたくさん発現するタンパク質...
~
この、「細胞にとって役に立たないタンパク質を大量に作らせ...
~
この現象は、「Protein Burden」、あるいは「Protein Cost」...
~
DSGがそもそもたくさんタンパク質を作っている、そしてそのコ...
~
思いついたらすぐ始める。すぐにそれ専用のプラスミドを作っ...
~
つまり、合成や分解の負荷、タンパク質負荷が実際にDSGをつく...
~
ところで、この酵母に「思いっきりGFPを作らせる」実験を行な...
#br
#ref(GFP-yeast.jpeg,wrap,center)
#br
GFPは、通常青色の光を当ててオレンジ色のフィルターを通した...
**6. 月夜のひらめき「ゲノム骨格説」 [#m6cbf454]
これまでDSGを生むメカニズムについて、いろいろと説明してき...
~
生命は進化の過程で、ちょっとやそっとじゃ壊れない性質「ロ...
~
これは、トレードオフという考え方で説明されます。これらのD...
~
その「大事な機能」とは何か？帰宅中の冬の月夜に、ふっとひ...
~
（１）染色体上に、わずかなコピー数の上昇で細胞を殺してし...
~
もし、染色体のどれか1本が、細胞の複製の失敗によって増えて...
~
何で自殺する必要があるのか？酵母のような多数の集団で増え...
~
私自身は面白い仮説だと思っていますが、実際にどこまで本当...
~
染色体上のDSGとパートナーが作るネットワーク（赤線）。これ...
#br
#ref(gTOW6000-8.png,wrap,center,40%)
#br
[[第4章「gTOW6000を世にはなつ」>成果発表/論文発表/gTOW600...
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*第3章：gTOW6000のデータから何が分かったのか？ [#c67efc21]
**1. Dosage Sensitive Geneがもっている特徴 [#c59c0004]
さて、115個のdosage sensitive gene（DSG）が取得されました...
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いろいろやった結果分かったことは、DSGがコードするタンパク...
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次にこういう解析を行なったときによく使われるGene Ontology...
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今回の解析でとれてきた115個の遺伝子をGO解析すれば、どんな...
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一方で、例えば、代謝や遺伝子発現の転写制御、細胞内の信号...
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こんな風に、私たちが得たDSG、わずかな過剰発現で細胞を殺し...
**2. 自分たちが同定した遺伝子で絵を描く（DSGのつながり） ...
上記の解析でだいたいDSGの特長というのは分かりました。しか...
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このために、CytoscapeというソフトウェアをもちいてDSG遺伝...
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#ref(gTOW6000-6.png,wrap,center,60%)
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私はこういった方法でとれてきた遺伝子の機能をながめながら...
私としてはとてもきれいなネットワーク図がかけて満足しまし...
**3. やっぱりでてきた「遺伝子量不均衡」 [#pf3a0fcd]
「これこれこんなタンパク質をコードする遺伝子がDSGになりや...
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もちろん、それぞれのタンパク質が過剰になったときに細胞を...
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ここで問題にしたいのは、これら115個のDSGが、「なぜわずか...
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その中ででてきたのが、遺伝子量不均衡もしくは、化学量不均...
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そういう視点で見てみると、それぞれのDSGにはパートナー分子...
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この実験は「パートナー探し」という呼び名がつけられ、研究...
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またこれは、「元のレベルから何倍」という過剰発現を行なうg...
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余談ですが、この実験の話をするときにプレゼンで使う図をお...
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#ref(gTOW6000-7.png,wrap,center)
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私は社交ダンスはやりませんが、ダンス業界では、女性のこと...
**4. それは一通のメールから始まった。 [#sbacd6c8]
少し本題から話がそれます。
研究者業界ではよくあることですが、シンポジウムなどで講演...
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そのメールもシンポジウムでの発表の依頼でした。私は一度も...
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招待のメールを下さったのは、遺伝子量バランスをバイオイン...
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実はこの時すでに、上で述べた「遺伝子量バランスの乱れがDSG...
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シンポジウムでお互いの発表を聞いて、私と牧野さんの2人は、...
**5. 「タンパク質負荷」古くて新しい概念 [#v6c6ef25]
遺伝子量不均衡は、DSGを生み出す原理の1つでした。それでは...
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先にも述べたように、「そもそもたくさん発現するタンパク質...
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この、「細胞にとって役に立たないタンパク質を大量に作らせ...
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この現象は、「Protein Burden」、あるいは「Protein Cost」...
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DSGがそもそもたくさんタンパク質を作っている、そしてそのコ...
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思いついたらすぐ始める。すぐにそれ専用のプラスミドを作っ...
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つまり、合成や分解の負荷、タンパク質負荷が実際にDSGをつく...
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ところで、この酵母に「思いっきりGFPを作らせる」実験を行な...
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#ref(GFP-yeast.jpeg,wrap,center)
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GFPは、通常青色の光を当ててオレンジ色のフィルターを通した...
**6. 月夜のひらめき「ゲノム骨格説」 [#m6cbf454]
これまでDSGを生むメカニズムについて、いろいろと説明してき...
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生命は進化の過程で、ちょっとやそっとじゃ壊れない性質「ロ...
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これは、トレードオフという考え方で説明されます。これらのD...
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その「大事な機能」とは何か？帰宅中の冬の月夜に、ふっとひ...
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（１）染色体上に、わずかなコピー数の上昇で細胞を殺してし...
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もし、染色体のどれか1本が、細胞の複製の失敗によって増えて...
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何で自殺する必要があるのか？酵母のような多数の集団で増え...
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私自身は面白い仮説だと思っていますが、実際にどこまで本当...
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染色体上のDSGとパートナーが作るネットワーク（赤線）。これ...
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#ref(gTOW6000-8.png,wrap,center,40%)
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