成果発表/論文発表/局在化GFP論文の解説
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[[成果発表/論文発表]]
#br
&ref_paper(27538565);
~
タイトル：タンパク質の局在化プロセスの過負荷による細胞増...
~
要旨：細胞内のコンパートメントに局在化するタンパク質の高...
#br
----
**1.はじめに [#o5b15d45]
~
この論文は2016年の8月に発表されました。普通ならすぐにブロ...
~
また研究の裏側もくっついた「長解説」をしなければならない...
~
この論文は、実は筆頭著者の学位がかかった論文で、どうして...
~
**2.プロセス負荷の発端ータンパク質負荷をGFPで測る [#ec1ea...
私の記憶が確かならば、この研究は2011年、ある大物論文((&re...
~
その時、私たちは、「なぜ特定の遺伝子はわずかに過剰にした...
~
タンパク質負荷をきちんと定義すると、「細胞の機能に関係の...
~
さて、話を戻します。上記で「たどり着いた」という言い方は...
~
たしかに、酵母の中で最強のプロモーターを持つ遺伝子—例えば...
~
「酵母の中で機能を持たないタンパク質」ってなんだ？ 何を使...
~
「なぜ発想したのか」は正確には覚えていませんが、発想した...
~
この時、もう一つだけ実験をやりました。それは、「細胞内に...
~
・・・そして、このときに思いました。「GFPを修飾してやって...
~
その時はっきりと気づいてはいませんでしたが、私たちは重要...
**3. 細胞内輸送プロセスの負荷をGFPで測るー素人の挑戦 [#b7...
早速とりかかりました。やろうと思ったことは、「局在化のコ...
~
酵母やヒトの細胞は、真核細胞と呼ばれ、細胞内が核や小胞体...
~
GFPに様々なシグナル配列をつけてやり、それによってGFPと比...
~
今考えれば、このプロジェクトを始めた時、私（たち）は素人...
~
いろいろに修飾したGFPを酵母の中で発現させる・・・その際に...
~
細胞内の各オルガネラへの局在化シグナルを付加したGFP（局在...
~
私たちが測ったのは、核内・核外・小胞・ミトコンドリア・細...
~
それぞれのシグナル配列には、有名なものから、無名なものま...
~
それが、あとで良くも悪くもこのプロジェクトに影響しました...
**4. はじめのデータ、そして長い苦悩 [#h1c7be73]
さて、この実験からまずわかったことは、ほぼすべての局在化...
~
ここまでの背景—新しい着想の実験により局在化のコストが測れ...
~
しかし実際には、そこからほとんど研究の進展がない長い試行...
~
この局在化GFPプロジェクトの最も大きな懸念は、「局在化GFP...
~
最初にやったのはマイクロアレイを使ったトランスクリプトー...
**5. トランスクリプトーム解析から分かったこと・わからなか...
トランスクリプトーム解析により、局在化GFPの過剰に応答して...
~
私たちはまず、アジレント社が提供しているマイクロアレイを...
~
トランスクリプトーム解析、実はシステムバイオロジーなどと...
~
トランスクリプトーム解析を見て少し安心したのは、SS-GFPの...
~
**6. 局在化観察もずっとうまく行かなかった [#nee87bb5]
GFPの局在についても、ずっと悩まされました。それぞれの局在...
~
''NLS・NES-GFP：''
まず、核内・核外の局在化させるには、積み荷の大きさが重要...
~
''MTS-GFP：''こちらはミトコンドリアの局在化を調べるための...
~
MTS-GFPから調べてわかった（と思っていた）、「ミトコンドリ...
~
ただここで、これまたどんな発想からたどり着いたのか忘れた...
~
結果は非常にクリアーでした。MTS-GFPがきちんとミトコンドリ...
~
''小胞輸送GFP：''これはツイッターのタイムラインから情報が...
**7. GFP（yEGFP）は出芽酵母細胞内で最も大量に発現できるタ...
ここから少し話を変えてGFPの話をします。上述のように、私た...
~
この論文の中では、総タンパク質におけるおおよそのGFPの発現...
~
現在進行中の別のプロジェクトで色々試してみたのですが、た...
~
**8. GFPが光ることは発現限界を規定していない（毒になって...
この研究内容を研究会などで発表するとよく言われたのが、「G...
~
光るという唯一の機能を失わせられたGFPは、ただの「アミノ酸...
**9. GFPは、だが、「完璧なモデルタンパク質」ではない [#r0...
というGFPですが、もちろんすべてのタンパク質を代表している...
~
どんどん話がそれますが、GFP以外の蛍光タンパク質を使おうと...
~
話を戻します。細胞の中には様々なタンパク質があって、それ...
~
上記の局在化観察のところでも書きましたが、GFPの大きさは、...
~
ですが、これが「分かる」ということだとも思います。つまり...
**10. 制限因子の同定・ 局在化キャパシティのタンパク質レベ...
さて、本題に戻ります。この論文が完成する最終的なきっかけ...
~
制限因子とは、局在化GFPの輸送の際に使われる因子であり、局...
~
小胞体ストレス応答に関わる遺伝子の変異体では、SS-GFPの発...
~
というの実験を経て、最後に局在化GFPのタンパク質量をはかり...
**11. この研究の意義と今後の展開ー「細胞の限界が知りたい...
最後に、この研究の意義と今後の展開を書いてみたいと思いま...
~
もう一つの方向として、癌のように染色体が過剰になって、タ...
~
さて、この研究ではまだまだやりたいことが残っています。そ...
~
細胞の限界がどこにあるのかを知りたい。~
~
この研究は、プラスミド設計用のプライマーの発注日から考え...
#br
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**用語の説明 [#zcace5bf]
''毒性：''毒性という言葉は、実はあまり使いたくありません...
~
''プロセスーコスト・負荷—キャパシティ（許容量）ー制限因子...
~
''モデルタンパク質：''モデルとは、知りたい対象の調べたい...
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&ref_paper(27538565);
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タイトル：タンパク質の局在化プロセスの過負荷による細胞増...
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要旨：細胞内のコンパートメントに局在化するタンパク質の高...
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**1.はじめに [#o5b15d45]
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この論文は2016年の8月に発表されました。普通ならすぐにブロ...
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また研究の裏側もくっついた「長解説」をしなければならない...
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この論文は、実は筆頭著者の学位がかかった論文で、どうして...
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**2.プロセス負荷の発端ータンパク質負荷をGFPで測る [#ec1ea...
私の記憶が確かならば、この研究は2011年、ある大物論文((&re...
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その時、私たちは、「なぜ特定の遺伝子はわずかに過剰にした...
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タンパク質負荷をきちんと定義すると、「細胞の機能に関係の...
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さて、話を戻します。上記で「たどり着いた」という言い方は...
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たしかに、酵母の中で最強のプロモーターを持つ遺伝子—例えば...
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「酵母の中で機能を持たないタンパク質」ってなんだ？ 何を使...
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「なぜ発想したのか」は正確には覚えていませんが、発想した...
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この時、もう一つだけ実験をやりました。それは、「細胞内に...
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・・・そして、このときに思いました。「GFPを修飾してやって...
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その時はっきりと気づいてはいませんでしたが、私たちは重要...
**3. 細胞内輸送プロセスの負荷をGFPで測るー素人の挑戦 [#b7...
早速とりかかりました。やろうと思ったことは、「局在化のコ...
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酵母やヒトの細胞は、真核細胞と呼ばれ、細胞内が核や小胞体...
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GFPに様々なシグナル配列をつけてやり、それによってGFPと比...
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今考えれば、このプロジェクトを始めた時、私（たち）は素人...
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いろいろに修飾したGFPを酵母の中で発現させる・・・その際に...
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細胞内の各オルガネラへの局在化シグナルを付加したGFP（局在...
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私たちが測ったのは、核内・核外・小胞・ミトコンドリア・細...
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それぞれのシグナル配列には、有名なものから、無名なものま...
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それが、あとで良くも悪くもこのプロジェクトに影響しました...
**4. はじめのデータ、そして長い苦悩 [#h1c7be73]
さて、この実験からまずわかったことは、ほぼすべての局在化...
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ここまでの背景—新しい着想の実験により局在化のコストが測れ...
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しかし実際には、そこからほとんど研究の進展がない長い試行...
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この局在化GFPプロジェクトの最も大きな懸念は、「局在化GFP...
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最初にやったのはマイクロアレイを使ったトランスクリプトー...
**5. トランスクリプトーム解析から分かったこと・わからなか...
トランスクリプトーム解析により、局在化GFPの過剰に応答して...
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私たちはまず、アジレント社が提供しているマイクロアレイを...
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トランスクリプトーム解析、実はシステムバイオロジーなどと...
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トランスクリプトーム解析を見て少し安心したのは、SS-GFPの...
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**6. 局在化観察もずっとうまく行かなかった [#nee87bb5]
GFPの局在についても、ずっと悩まされました。それぞれの局在...
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''NLS・NES-GFP：''
まず、核内・核外の局在化させるには、積み荷の大きさが重要...
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''MTS-GFP：''こちらはミトコンドリアの局在化を調べるための...
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MTS-GFPから調べてわかった（と思っていた）、「ミトコンドリ...
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ただここで、これまたどんな発想からたどり着いたのか忘れた...
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結果は非常にクリアーでした。MTS-GFPがきちんとミトコンドリ...
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''小胞輸送GFP：''これはツイッターのタイムラインから情報が...
**7. GFP（yEGFP）は出芽酵母細胞内で最も大量に発現できるタ...
ここから少し話を変えてGFPの話をします。上述のように、私た...
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この論文の中では、総タンパク質におけるおおよそのGFPの発現...
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現在進行中の別のプロジェクトで色々試してみたのですが、た...
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**8. GFPが光ることは発現限界を規定していない（毒になって...
この研究内容を研究会などで発表するとよく言われたのが、「G...
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光るという唯一の機能を失わせられたGFPは、ただの「アミノ酸...
**9. GFPは、だが、「完璧なモデルタンパク質」ではない [#r0...
というGFPですが、もちろんすべてのタンパク質を代表している...
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どんどん話がそれますが、GFP以外の蛍光タンパク質を使おうと...
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話を戻します。細胞の中には様々なタンパク質があって、それ...
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上記の局在化観察のところでも書きましたが、GFPの大きさは、...
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ですが、これが「分かる」ということだとも思います。つまり...
**10. 制限因子の同定・ 局在化キャパシティのタンパク質レベ...
さて、本題に戻ります。この論文が完成する最終的なきっかけ...
~
制限因子とは、局在化GFPの輸送の際に使われる因子であり、局...
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小胞体ストレス応答に関わる遺伝子の変異体では、SS-GFPの発...
~
というの実験を経て、最後に局在化GFPのタンパク質量をはかり...
**11. この研究の意義と今後の展開ー「細胞の限界が知りたい...
最後に、この研究の意義と今後の展開を書いてみたいと思いま...
~
もう一つの方向として、癌のように染色体が過剰になって、タ...
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さて、この研究ではまだまだやりたいことが残っています。そ...
~
細胞の限界がどこにあるのかを知りたい。~
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この研究は、プラスミド設計用のプライマーの発注日から考え...
#br
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**用語の説明 [#zcace5bf]
''毒性：''毒性という言葉は、実はあまり使いたくありません...
~
''プロセスーコスト・負荷—キャパシティ（許容量）ー制限因子...
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''モデルタンパク質：''モデルとは、知りたい対象の調べたい...
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