成果発表/論文発表/gTOW6000論文第2章
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*第2章：gTOW6000のデータを解析する [#fc8e26de]
**1.「遺伝子つなひき法」で得られるデータ [#bd35389f]
gTOW6000から何が分かったのかを解説する前に、この実験から...
~
では、コピー数をあげると何がおきるのか？単純に考えると、...
~
専門的な知識をもっている方は、「遺伝子のコピー数が増えた...
~
もう少し話を続けます。それでは、遺伝子の過剰発現の限界が...
~
ヒトが作るシステム（機械など）は壊れにくさが重要で、設計...
#br
「遺伝子つなひき実験」の一例を下に示します。vectorとは、...
#br
#ref(gTOW6000-3.png,wrap,center,40%)
#br
**2. データ解析の苦悩 [#xc89d6f1]
さて第1章で述べたように、データはなんとか取り終えました。...
~
このような大規模実験につきものなのは、解析を同時に行なえ...
~
データをだすのは頼もしいテクニシャンのおかげで終ったので...
~
6000の遺伝子を解析し終えて分かったことは、限界コピー数の...
~
ですが、最終的に私たちが選んだ方法は、すべての結果をあわ...
~
ただ、この解析で大体分かったことがありました。それは、測...
**3. 115個の「Dosage Sensitive Gene」 [#ydaaa896]
この目標のために、最初の解析で限界コピー数が「20コピー以...
~
時間が第1章のところまで戻るのですが、gTOW6000プロジェクト...
~
こんな時どう思いますか？何がおきているんでしょうか？~
~
１つの可能性としては、「標的の遺伝子の限界コピー数がとっ...
~
上記の「超脆弱な」遺伝子も含めた脆弱192遺伝子については、...
~
大半の遺伝子は、フレームシフト変異を入れると空ベクターの...
~
この先の解析の詳細は述べませんが、更なる解析によって、コ...
~
このような解析を通じて、最終的に私たちは115個の上限コピー...
#br
以下は、gTOW6000で得られた限界コピー数のデータです。80%以...
#br
#ref(gTOW6000-4_2.png,wrap,center,50%)
#br
**4. プロモーター置換と遺伝子つなひき法は違う。 [#k3fc2bfa]
さて、いよいよ得られたデータが生物学的にどんな意味を持っ...
~
gTOW6000もそれぞれの遺伝子の過剰発現がどれくらい細胞に悪...
~
私たち酵母研究者が、一般的に遺伝子を過剰発現させようと思...
~
出芽酵母で有名なのは'''GAL'''プロモーターと呼ばれるプロモ...
~
プロモーター置換と遺伝子つなひき法の最も大きな違いは、プ...
~
もっと簡単な言葉で言うと、いろんなタンパク質について同じ...
~
もちろんプロモーター置換は、「どんな種類のタンパク質が細...
~
一方で、現在の細胞内のシステムで働くタンパク質の存在量は...
~
Sopko2006では、過剰発現させたときに細胞の増殖を悪くさせる...
#br
SopkoらのデータとgTOW6000のデータの違いを以下に示します。...
#br
#ref(gTOW6000-5.png,wrap,center,40%)
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**5. Sopko2006論文の功罪 [#n47288ed]
Sopkoらの論文は、Molecular Cellという業界の中でもトップに...
~
ちなみに、このような全遺伝子の網羅的な過剰発現というのは...
~
Sopkoらの研究は、網羅的な過剰発現の唯一の研究であるため、...
~
網羅的解析から得られるデータには、「それぞれの遺伝子の機...
~
このような全体としての特長を、網羅的な遺伝子破壊の結果で...
~
「ハブ」とは、タンパク質の中でも沢山の結合相手をもってい...
~
また、第3章で詳しく述べますが、細胞内で複合体を作るような...
~
私はこの一連の研究に非常に強い違和感を感じました。元のレ...
~
例えば、上記バランス仮説の検証において、この元のレベルを...
~
逆に言うとSopkoらの研究は、私たちの実験の特長を浮かび上が...
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[[第3章「gTOW6000のデータから何が分かったのか？」>成果発...
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*第2章：gTOW6000のデータを解析する [#fc8e26de]
**1.「遺伝子つなひき法」で得られるデータ [#bd35389f]
gTOW6000から何が分かったのかを解説する前に、この実験から...
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では、コピー数をあげると何がおきるのか？単純に考えると、...
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専門的な知識をもっている方は、「遺伝子のコピー数が増えた...
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もう少し話を続けます。それでは、遺伝子の過剰発現の限界が...
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ヒトが作るシステム（機械など）は壊れにくさが重要で、設計...
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「遺伝子つなひき実験」の一例を下に示します。vectorとは、...
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**2. データ解析の苦悩 [#xc89d6f1]
さて第1章で述べたように、データはなんとか取り終えました。...
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このような大規模実験につきものなのは、解析を同時に行なえ...
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データをだすのは頼もしいテクニシャンのおかげで終ったので...
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6000の遺伝子を解析し終えて分かったことは、限界コピー数の...
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ですが、最終的に私たちが選んだ方法は、すべての結果をあわ...
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ただ、この解析で大体分かったことがありました。それは、測...
**3. 115個の「Dosage Sensitive Gene」 [#ydaaa896]
この目標のために、最初の解析で限界コピー数が「20コピー以...
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時間が第1章のところまで戻るのですが、gTOW6000プロジェクト...
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こんな時どう思いますか？何がおきているんでしょうか？~
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１つの可能性としては、「標的の遺伝子の限界コピー数がとっ...
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上記の「超脆弱な」遺伝子も含めた脆弱192遺伝子については、...
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大半の遺伝子は、フレームシフト変異を入れると空ベクターの...
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この先の解析の詳細は述べませんが、更なる解析によって、コ...
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このような解析を通じて、最終的に私たちは115個の上限コピー...
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以下は、gTOW6000で得られた限界コピー数のデータです。80%以...
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**4. プロモーター置換と遺伝子つなひき法は違う。 [#k3fc2bfa]
さて、いよいよ得られたデータが生物学的にどんな意味を持っ...
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gTOW6000もそれぞれの遺伝子の過剰発現がどれくらい細胞に悪...
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私たち酵母研究者が、一般的に遺伝子を過剰発現させようと思...
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出芽酵母で有名なのは'''GAL'''プロモーターと呼ばれるプロモ...
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プロモーター置換と遺伝子つなひき法の最も大きな違いは、プ...
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もっと簡単な言葉で言うと、いろんなタンパク質について同じ...
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もちろんプロモーター置換は、「どんな種類のタンパク質が細...
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一方で、現在の細胞内のシステムで働くタンパク質の存在量は...
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Sopko2006では、過剰発現させたときに細胞の増殖を悪くさせる...
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SopkoらのデータとgTOW6000のデータの違いを以下に示します。...
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#ref(gTOW6000-5.png,wrap,center,40%)
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**5. Sopko2006論文の功罪 [#n47288ed]
Sopkoらの論文は、Molecular Cellという業界の中でもトップに...
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ちなみに、このような全遺伝子の網羅的な過剰発現というのは...
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Sopkoらの研究は、網羅的な過剰発現の唯一の研究であるため、...
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網羅的解析から得られるデータには、「それぞれの遺伝子の機...
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このような全体としての特長を、網羅的な遺伝子破壊の結果で...
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「ハブ」とは、タンパク質の中でも沢山の結合相手をもってい...
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また、第3章で詳しく述べますが、細胞内で複合体を作るような...
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私はこの一連の研究に非常に強い違和感を感じました。元のレ...
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例えば、上記バランス仮説の検証において、この元のレベルを...
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逆に言うとSopkoらの研究は、私たちの実験の特長を浮かび上が...
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