gTOW6000 project

NBRP-yeastから分与されているgTOW6000クローンについての情報を掲載したページです。

遺伝子名等でデータシートを検索します。

gTOW6000とは？†

• gTOW6000は、出芽酵母の全遺伝子（約5700）のプラスミドコレクションです。各遺伝子のコピー数の上限をgTOW法で解析するために作成しました。
• 各遺伝子は、プラスミドベクターpTOWug2-836にクローンされ、そのプラスミドをもつ酵母BY4741株としてストックされています。
• 各遺伝子につき2つのクローンがストックされています。90%以上の遺伝子についてクローンが存在します。gTOW6000データシートよりどの遺伝子がクローンできているか確認できます。
• クローンはPCRによってインサート長を確認してあります。制限酵素処理によるインサートの確認や塩基配列の決定は行なっていません。
• 参考文献
   

gTOW6000を利用したい方は†

• 個別の遺伝子の情報は、gTOW6000データシートをご覧ください。
• gTOW6000は、NBRP-yeastから入手可能です。
  • NBRPでは、各遺伝子がプレート上の位置で管理されています。例："BYgTOW00A01"（=プレート０番のＡ０１にある遺伝子）。
  • データシートでクローンが存在していることになっているものも、保存の過程で失われている遺伝子もあります（NBRPにお問い合わせください）。
  • データシートでは取得できていないクローンでも、後日取得に成功している遺伝子もあります（守屋までお問い合わせください）。

• gTOW6000の作成に用いたプライマーセット、もしくはそれで増やした遺伝子セットを利用したい場合には、ご連絡ください（共同研究としての対応になると思います）。

問い合わせ先：岡山大学・守屋　hisaom at cc.okayama-u.ac.jp（at は@に置換してください。）

gTOW6000の作製法†

1. ゲノム上の各遺伝子をプロモーターとターミネーターを含むようにプライマーを作成
2. PCRで標的遺伝子を増幅
3-4. PCR産物をpTOWug2-836に、酵母菌（BY4741 株）内でのGap-Repair Cloningによりクローニング、96穴プレートでトランスフォーメーション
5. 各遺伝子につき２つのコロニーをピックアップ
6. 静置培養
7. 両者からDNA調整
8. PCRによりインサートをチェック（PCR産物のサイズ照合）
9. PCRにより確認されたインサートのサイズが、予想されるものと一致しない場合には、プライマーの再設計、更なるコロニーの取得を行い、2-6を繰り返す（落ち穂拾い）。

→PCRにより予測されるサイズのインサートを持つプラスミドを持つ酵母をストックし、gTOW6000クローンとした。

gTOW6000データシート†

データシートの見方†

• Serial#：クローニングするORFに対し付けた通し番号（1-5806）
• Locus：SGDの「Systematic Name」に相当
• Gene：SGDの「Standard Name」に相当
• Plate#：当該ORFをクローニングしたgTOWプラスミドを持つ株のフリーズストックが収められたプレートの番号（0-60）
• Row：フリーズストックのプレート内の位置（行）
• Column：フリーズストックのプレート内の位置（列）
• Well#：フリーズストックのプレート内の位置（96穴プレートのA1を１、H1を8とし、H12まで付けた通し番号）
• Chr：当該ORFが存在する染色体の番号
• Primer name_Up_：上流プライマー名
• Up Primer：上流プライマー配列
• Primer name_Down_：下流プライマー名
• Down Primer：下流プライマー配列
• Size：プライマーで増幅されるPCR産物のサイズ（bp）
• 1stPCR evaluation：標的遺伝子のPCRによる増幅の結果を評価したもの（A-G：良い方から悪い方へ7段階）
• Clone1：クローン１のインサート確認PCR結果（P：目的サイズのインサートあり、N：目的サイズのインサート無し）
• Clone2：クローン２のインサート確認PCR結果（P：目的サイズのインサートあり、N：目的サイズのインサート無し）

• gTOW6000は以下の組織に所属する研究グループによって開発されました。
  • 岡山大学異分野融合先端研究コア・守屋研究室
  • 癌研究所・システムバイオロジー部
  • NPOシステムバイオロジー研究機構

• gTOW6000の開発にあたっては以下の研究助成金が利用されています。
  • 科学技術振興機構ERATO-SORST北野共生システムプロジェクト
  • 科学技術振興機構さきがけ

English/Japanese

お問い合わせ：
hisaom at cc.okayama-u.ac.jp