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gTOW6000での「遺伝子領域」のクローニング

gTOW6000clones.png
  • 各遺伝子について、隣接するORFの直前/直後*1までをプラスミドにクローンする(上図青い矢印)。
  • Verified ORFならびにUncharacterized ORFをクローンする。
  • 蛋白質をコードしていない染色体上の因子(RNA遺伝子やARSなど)、Dubious ORFは無視されている(上図オレンジ色の丸)。

プライマーデザインとGap-Repair Cloning

Cloning.png
  • プライマー:48塩基(アダプター配列:25塩基 + 標的遺伝子と相同な配列:23塩基)
  • 隣接するORFの23bpをプライマー配列とする。
  • アダプター配列:
    • Up primer : cggccgctctagaactagtGGATCC*2
    • Down primer : attgggtaccgggccccccCTCGAG*3
 
  • プライマーは、Saccharomyces Genome Databaseの塩基配列(28-JUL-2007リリース)をソースとしてスクリプトで自動設計し、増幅が見られなかったものについては、配列を変えて再設計しています。
  • gTOW6000データシートには、これらのうちgTOW6000の最終セット構築に用いたプライマーセットを記載してあります。
  • クローンをゲノム上にマップしたものはこちらです。

*1 正確には、隣接するORFの23pbをプライマーとして利用している
*2 BamHI site
*3 XhoI site

Last-modified: 2011-06-30 (木) 15:15:02 (4018d)