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*モデリング [#g5973653]
ここでは細胞の分子ネットワークを数理モデリングしシミュレーションする手法やそこから得られるものについて書いてみていたいと思います((特に酵母細胞の数理モデルによる解析例については「酵母のすべて」という書籍に書いてあります。))。
*Tyson2003論文 [#p562f0e3]
#ref(http://tenure5.vbl.okayama-u.ac.jp/~hisaom/HMwiki/media/pfg.png,right,around)
-「細胞のシミュレーションには興味があるがやり方がわからない」
-「細胞のシステムとしての振るまいって何？」
そう思っている研究者にぜひ読んでいただきたい、John Tyson氏の解説論文((&ref_paper(12648679);))があります。細胞内ネットワークが数理モデル（微分方程式）を用いてどのように記述されるのか、またそのネットワークがどのような挙動を示すのかということを理解するのに非常に良いテキストです。
しかし専門でない人にとっては、専門用語の含まれる英語の論文で内容を理解することは難しいでしょう。またこの論文には具体的にどのような手続きでシミューレーションを行うことができるのかということが書かれていません。そこでこのページでは冒頭の疑問を多少なりとも解消していただくことを目的として、以下の3つのコンテンツを作ってみました。
-上述の[[John Tyson氏の論文の日本語訳>Tyson2003]]((この論文を本ウェブサイト中では「Tyson2003」という風に呼ぶことにします))~
FigureやReferenceは原本そのままの番号付けをしていますが、このページにはのせていません。原著を参考にしながらお読みください。
-この論文に書かれている数理モデルのSBMLファイル~
これは[[CellDesigner:http://celldesigner.org]]というソフト((このソフトは、[[ここ:http://celldesigner.org]]から無料で入手できます。MacでもWinでもつかえます。))にロードすればシミュレーションすることができます。たいていモデルファイルはそのモデルがでてきた章のページの下に添付してあります。ファイルを保存して[[CellDesigner:http://celldesigner.org]]で開いてSimulationしてみてください。また、[[モデルだけを集めたページ>Tyson2003_Models]]も作ってあります。
-[[Tyson2003の解説]]~
この論文の内容を理解するために必要と思うことを守屋が書きました。
*[[ブーリアンモデル]] [#k6dc035d]
「ブーリアンネットワーク」という、on/off、if-thenの形で蛋白質の活性とその制御関係をつなげた、ブーリアンネットワークモデルについて解説しようとしているものです（今あるのは図だけです）。
*[[ODEモデリング]] [#w76f154a]
常微分方程式（ODE）で細胞の分子ネットワークモデルはどのように記載されるのかを解説しています。具体的なシミュレーションの仕方ではなく、モデルの構成の仕方についての解説です。
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