(現在最強の)タンパク質局在データベース

出芽酵母(S.cerevisiae)のタンパク質の局在解析については、USCF(当時)のErin O’Sheaらの金字塔的研究が有名です(文献1)。出芽酵母のほぼすべてのタンパク質をGFP融合タンパク質として…
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Blog for Yeast and Systems Biology Research
出芽酵母(S.cerevisiae)のタンパク質の局在解析については、USCF(当時)のErin O’Sheaらの金字塔的研究が有名です(文献1)。出芽酵母のほぼすべてのタンパク質をGFP融合タンパク質として…
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以前このブログで紹介した、「酵母の染色体を人間が全部作り直そう」というプロジェクトは、その後、国際プロジェクト「Synthetic Yeast 2.0(Sc2.0)」に発展し、2017年3月には30%が終了したという中間…
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Using deep learning to model the hierarchical structure and function of a cell. Ma J, Yu MK, Fong S, Ono K, Sa…
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Nanoporeシーケンサーは、DNAを一分子ずつ小さな穴(nanopore)を通し、AGCTの塩基が通る際の電流変化の違いを利用してDNAの塩基配列を解読しようとする、次次世代(?)のシーケンサーです。DNAを断片化し…
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CRISPR-Cas9によるゲノム編集技術、近いうちに間違いなくノーベル賞をとる革新的技術です。我が酵母においても、この技術を使って盛んにゲノムの大規模な編集が行われ、毎日のように論文が出ています。私も一応この実験系を動…
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このエントリー(シリーズ)では、出芽酵母(S. cerevisiae)の遺伝子を対象として作られてきた(そして手に入る)遺伝子ライブラリーについてまとめていきたいと思います。長くなったのでエントリーを分けて書いていきます…
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以前、酵母で死ぬほどGFPを発現してみたら酵母のコロニーが幻想的な緑色になることをこのブログで書きました。今回、たまたま大腸菌で思いっきりGFPを発現する機会がありましたので、その観察結果を。条件は、pGLO in TO…
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エントリー名、少し変えました(旧エントリー名「大腸菌の形質転換ではヒートショックも後培養もいらない」)。内容もコメントに合わせて若干修正しています。2019.5.18 追記をしました。 大腸菌の形質転換(トランスフォーメ…
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「Proteomap : プロテオームを可視化する新しい手法」で書きましたプロテオマップですが、やっぱりコレはすごいです。色々なタンパク質の機能がそれなりにちゃんと分かっていて、それぞれがどれくらいの量発現しているかがち…
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以前このブログで、「酵母で死ぬほどGFPを発現してみました。」という実験を紹介しました。 死ぬほどGFP(緑色蛍光タンパク質)を発現した酵母(GFP酵母と呼ぶことにします)のコロニーは肉眼でも蛍光緑に見えます。培養液も緑…
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