サイトマップ 酵母とシステムバイオロジー 3Dプリンター AlphaFold2は「3Dプリンターでタンパク質を打ち出してみよう業界」にも変革をもたらした クライオEMがタンパク質３Dプリンティングに与えた衝撃 DNAポリメラーゼの3Dモデルから学ぶこと？ “ちょうどいい感じ”のDNAの3Dモデル 「モデル」としてすばらしいリボソームの３Ｄモデル 暗闇で光る酵母（のモデル）は相当かわいい ブラックライトで蛍光を発する蛍光タンパク質モデルを3Dプリンターで作ってみた ウェブページ YeastSpotter：出芽酵母細胞を認識するツール （現在最強の）タンパク質局在データベース 細胞周期のダイナミクスは「鹿威し原理」で動いている、という話。 Proteomap : プロテオームを可視化する新しい方法 Wikipediaの「シグナル配列」はどこから来たのか？ David Goodsell氏が変えるかもしれない「細胞・タンパク質」のイメージ gTOW6000論文・超（長）解説を書きました。 Mendeleyがもたらす研究革命？ 「ジンクピリチオン祭り in 分子生物学会」前夜祭 on Twitter 「酵母コロキアム」始めました＆皆さん参加よろしくお願いします。 合成遺伝子で「コドンの最適化」をどう行なうのか？ ２つのInternational Conference on Systems Biology 近藤滋氏が細胞工学に「生命科学の明日はどっちだ」を連載中 Uri AlonによるSystems BiologyのLecture 「ETロボコンではじめるシステム制御」で始めるシステム生物学？ 【海外サイエンス・実況中継】注目される研究分野・研究者と求められる人材 ～ システムバイオロジー ～ 細胞夜話 エッセイ それはスクリーニング？ それともプロファイリング？ 「システムバイオロジー」という研究志向 パスツール効果なんて存在しない？(２) 大腸菌の形質転換ではヒートショックも後培養もいらない（こともある） 細胞あたりのタンパク質の分子数はいくつ？ "KOD"ポリメラーゼに対する認識の世代間格差？ あなたがやっているのが分子生物学かシステム生物学かすぐに見分けられる質問 制限酵素のイタリック表記は必要ない 解説記事「細胞のタンパク質発現のリソース配分とキャパシティ」を化学と生物に書きました。 濃度依存的な液相分離はタンパク質の発現上昇にともなう毒性の原因となる 遺伝子が発現しない？ 次の酵母研究を牽引するのは「進化実験」だ。 遺伝子の必須性は細胞の進化可能性にリンクした定量的特性である 過剰発現実験の定量的側面 岐路に立つ酵母の栄養要求性マーカー 3D printerでタンパク質の立体構造モデルを作る。 「摂動」から始めるべき？ 酵母の熱ショックでの生存に必要な遺伝子は、代謝や信号伝達に関わっていて、熱ショックで誘導される遺伝子とはほとんど一致しない。 「分子生物学」とはどんな学問分野なのか（システム生物学との対比として）？ Wikipediaの「シグナル配列」はどこから来たのか？ gTOW6000論文・超（長）解説を書きました。 遺伝子発現差解析はマイクロアレイ？、それともRNAseq？ 「パスツール効果」なんて存在しない？ 和製英文誌のインパクトファクターをあげる努力 「Systems Biology」の定義 論文の図とレジェンドに見る悪しき伝統 「生命科学者の伝記を読む」仲野 徹 ジンクピリチオンの分子生物学的な効果 不誠実な研究発表 「矛盾した制御ループ（iFFL）」と「理にかなった制御ループ（cFFL）」 近藤滋氏が細胞工学に「生命科学の明日はどっちだ」を連載中 必須な遺伝子と病気の原因遺伝子 細胞周期と概日リズムに関するとある議論 CREST「生命システムの動作原理と基盤技術」シンポジウムに参加して 「生命動態システム科学」とは？ システムバイオロジー 遺伝子発現量を正確に預言するAIが生まれた（2/n）ー預言を検証してみる 酵母ミトコンドリアの（ちゃんとした）タンパク質カタログ それはスクリーニング？ それともプロファイリング？ （現在最強の）タンパク質局在データベース 「システムバイオロジー」という研究志向 ディープラーニングによる細胞の階層的構造や機能のモデル化 タンパク質を発現量で分けて眺めるだけでも面白い 細胞あたりのタンパク質の分子数はいくつ？ 細胞周期のダイナミクスは「鹿威し原理」で動いている、という話。 遺伝子重複は、頑健性ではなく脆弱性を酵母のタンパク質相互作用ネットワークに付与する。 生命システムの美 あなたがやっているのが分子生物学かシステム生物学かすぐに見分けられる質問 遺伝子発現レベルが増殖に及ぼす効果の大規模並列調査 解説記事「細胞のタンパク質発現のリソース配分とキャパシティ」を化学と生物に書きました。 濃度依存的な液相分離はタンパク質の発現上昇にともなう毒性の原因となる 次の酵母研究を牽引するのは「進化実験」だ。 遺伝子の必須性は細胞の進化可能性にリンクした定量的特性である 過剰発現実験の定量的側面 ロバストネスとは何か ホルモンを利用した新しい遺伝子発現制御システム Selective ploidy ablation: プラスミドをハイスループットに移す方法 Proteomap : プロテオームを可視化する新しい方法 BYシリーズ酵母株のためのゴールドスタンダード完全培地 岐路に立つ酵母の栄養要求性マーカー コドンの最適度はmRNAの安定性を決める主要な要因である。 原始遺伝子と遺伝子の新生 「摂動」から始めるべき？ タンパク質合成速度の絶対定量により、細胞のリソース配分の原理が明らかになった。 CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（４ 最終回） CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（３） CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（２） CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（１） スピンドルチェックポイントのロバストネスを決める要因 出芽酵母と（分裂酵母とHeLa細胞）のタンパク質のコピー数測定 出芽酵母の統合的フェノミクスによって明らかになった表現型多様性の構造 酵母の熱ショックでの生存に必要な遺伝子は、代謝や信号伝達に関わっていて、熱ショックで誘導される遺伝子とはほとんど一致しない。 「分子生物学」とはどんな学問分野なのか（システム生物学との対比として）？ 遺伝子発現は円を描く。mRNA分解に関わる因子はmRNA合成も手伝う。 出芽酵母のすべての「ターミネーター」の活性測定 バーコード化された過剰発現系を使った酵母の遺伝子機能解析 酵母のダイオキシックシフトのマルチオミックス解析 gTOW6000論文・超（長）解説を書きました。 遺伝子型から表現型を予測する全細胞レベルのコンピュータモデル 集団レベルと単一細胞レベルにおける、モデル予測による遺伝子発現の長期的な制御 タンパク質のダイナミクスを測る、蛍光蛋白質タイマー 負のフィードバックは、酵母の転写因子制御に「変異に対するロバストネス」を付与する。 「Systems Biology」の定義 酵母で機能し、設計に応じて表現型の多様性を生み出す合成染色体腕 不誠実な研究発表 ２つのInternational Conference on Systems Biology 「矛盾した制御ループ（iFFL）」と「理にかなった制御ループ（cFFL）」 近藤滋氏が細胞工学に「生命科学の明日はどっちだ」を連載中 必須な遺伝子と病気の原因遺伝子 平成23年度戦略目標は、「生命動態システム科学」。 CellDesigner4.x 使用日記 Uri AlonによるSystems BiologyのLecture 最小のCDK制御ネットワークによる細胞周期の駆動 細胞周期と概日リズムに関するとある議論 今日の要チェック論文 「ETロボコンではじめるシステム制御」で始めるシステム生物学？ 分裂酵母のプロテオームとトランスクリプトームの比較プロファイリング 遺伝子回路におけるネットワーク量補償の一般的メカニズム Cell誌 Systems Biology特集号 CREST「生命システムの動作原理と基盤技術」シンポジウムに参加して A global protein kinase and phosphatase interaction network in yeast. 【海外サイエンス・実況中継】注目される研究分野・研究者と求められる人材 ～ システムバイオロジー ～ Periodic cyclin-Cdk activity entrains an autonomous Cdc14 release oscillator. The 11th Internatinal Conference on Systems Biology 2010 「生命動態システム科学」とは？ システム生物学がわかる！ーセルイラストレータを使ってみよう 酵母の細胞周期制御に見られる量的不均衡が生み出す脆弱性 How to understand the cell by breaking it: network analysis of gene perturbation screens. Metabolic cycling in single yeast cells from unsynchronized steady-state populations limited on glucose or phosphate. システムバイオロジーのおかげで・・・。 統合的なコンピュータモデル、ロバストネスと脆弱性 現代生物科学入門８「システムバイオロジー」 システムバイオロジーレベルのモデルは、真にAnalyticalでPredictableなのか？ Translation efficiency is determined by both codon bias and folding energy. Evidence for widespread adaptive evolution of gene expression in budding yeast. A circadian clock in Saccharomyces cerevisiae. ”Fragile”という言葉 ”Robustness: mechanisms and consequences” シリーズ過剰発現 シリーズ過剰発現・第11回「デノボ遺伝子誕生」 シリーズ過剰発現・第10回「怪しいORFの面白さ」 シリーズ過剰発現・第9回「怪しいORF」 シリーズ過剰発現・第8回「遺伝子・ORFはどのように決められるか？」 シリーズ過剰発現・第7回「体系的な増殖速度の測定」 シリーズ過剰発現・コンテンツ シリーズ過剰発現・第6回「異数体の解析」 シリーズ過剰発現・第5回「過剰発現に用いられるプロモーター」 シリーズ過剰発現・第4回「過剰発現ライブラリーの種類」 シリーズ過剰発現・第3回「過剰発現を起こす3つの方法 」 シリーズ過剰発現・第2回「遺伝学の３つのフェーズ」 シリーズ過剰発現・第1回「過剰発現とは？」 ソフトウェア 遺伝子発現量を正確に預言するAIが生まれた（2/n）ー預言を検証してみる YeastSpotter：出芽酵母細胞を認識するツール Proteomap : プロテオームを可視化する新しい方法 エクセルのグラフ機能で電気泳動のバンドサイズを評価する CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（４ 最終回） CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（３） CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（２） CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（１） CellDesigner4.3で描いたダイアグラムのファイルが開かなくなる現象への対応 Mendeleyがもたらす研究革命？ CellDesigner4.x 使用日記 テクノロジー イエローチップの（驚くべき）使い方：番外編 活動しない人工染色体が教えてくれること 遺伝子発現量を正確に預言するAIが生まれた（2/n）ー預言を検証してみる 遺伝子発現量を正確に予言するAIが生まれた（1/n） AlphaFold2は「3Dプリンターでタンパク質を打ち出してみよう業界」にも変革をもたらした Gather.townで100人規模の研究会を行った WTC846：これで決まり（？！）な酵母の転写制御システム クライオEMがタンパク質３Dプリンティングに与えた衝撃 酵母でSARS-CoV-2ゲノムを再構築 YeastSpotter：出芽酵母細胞を認識するツール “ちょうどいい感じ”のDNAの3Dモデル ミトコンドリアの進化に向けた酵母の細胞内共生体の作成 酵母ミトコンドリアの（ちゃんとした）タンパク質カタログ 微生物実験でのイエローチップの（驚くべき）使い方 （現在最強の）タンパク質局在データベース 「人工酵母菌ゲノム開発プロジェクト」について少し解説 ディープラーニングによる細胞の階層的構造や機能のモデル化 ナノポアシーケンサーMinIONインプレッション Cas9は試験管内でもDNAを(めっちゃ)切る!? 酵母の遺伝子ライブラリーあれこれ (1) 大腸菌で思いっきりGFPを発現してみた 大腸菌の形質転換ではヒートショックも後培養もいらない（こともある） タンパク質を発現量で分けて眺めるだけでも面白い 死ぬほどGFPを発現している酵母はミドリゾウリムシに食われることで科学に貢献する 細胞周期のダイナミクスは「鹿威し原理」で動いている、という話。 "KOD"ポリメラーゼに対する認識の世代間格差？ ウエスタンブロッティング、自動化への道（その１） 暗闇で光る酵母（のモデル）は相当かわいい 遺伝子発現レベルが増殖に及ぼす効果の大規模並列調査 改変型GFPはウエスタンでの検出でも優れている？ 遺伝子が発現しない？ 「赤色蛍光タンパク質 yEmRFP/mCherry が切れちゃう謎」が解決した ホルモンを利用した新しい遺伝子発現制御システム Selective ploidy ablation: プラスミドをハイスループットに移す方法 Proteomap : プロテオームを可視化する新しい方法 岐路に立つ酵母の栄養要求性マーカー 3D printerでタンパク質の立体構造モデルを作る。 エクセルのグラフ機能で電気泳動のバンドサイズを評価する 酵母のSTAP現象、ではなく自家蛍光を観察する。 CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（２） CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（１） 出芽酵母の統合的フェノミクスによって明らかになった表現型多様性の構造 マイクロチップ電気泳動装置は、アガロースゲル電気泳動に置きかわれるか？ CellDesigner4.3で描いたダイアグラムのファイルが開かなくなる現象への対応 RNAseqとマイクロアレイによるmRNAの定量ーある解析例 分裂酵母で“使える”誘導型のプロモーターが見つかるのはいつの日か？ 遺伝子発現差解析はマイクロアレイ？、それともRNAseq？ 遺伝子型から表現型を予測する全細胞レベルのコンピュータモデル 集団レベルと単一細胞レベルにおける、モデル予測による遺伝子発現の長期的な制御 Mendeleyがもたらす研究革命？ 酵母で機能し、設計に応じて表現型の多様性を生み出す合成染色体腕 論文の図とレジェンドに見る悪しき伝統 「ジンクピリチオン祭り in 分子生物学会」前夜祭 on Twitter Bioneerで売っている分裂酵母の破壊株の注意点 合成遺伝子で「コドンの最適化」をどう行なうのか？ プレゼン資料 それはスクリーニング？ それともプロファイリング？ 「モデル」としてすばらしいリボソームの３Ｄモデル 技術としてのプレゼンテーション モデリング 「システムバイオロジー」という研究志向 ディープラーニングによる細胞の階層的構造や機能のモデル化 CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（４ 最終回） CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（３） CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（２） CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（１） 出芽酵母の統合的フェノミクスによって明らかになった表現型多様性の構造 酵母のダイオキシックシフトのマルチオミックス解析 遺伝子型から表現型を予測する全細胞レベルのコンピュータモデル 集団レベルと単一細胞レベルにおける、モデル予測による遺伝子発現の長期的な制御 CellDesigner4.x 使用日記 「ETロボコンではじめるシステム制御」で始めるシステム生物学？ システムバイオロジーレベルのモデルは、真にAnalyticalでPredictableなのか？ ロバストネス 遺伝子重複は、頑健性ではなく脆弱性を酵母のタンパク質相互作用ネットワークに付与する。 遺伝子発現レベルが増殖に及ぼす効果の大規模並列調査 解説記事「細胞のタンパク質発現のリソース配分とキャパシティ」を化学と生物に書きました。 遺伝子の必須性は細胞の進化可能性にリンクした定量的特性である 過剰発現実験の定量的側面 ロバストネスとは何か 「摂動」から始めるべき？ スピンドルチェックポイントのロバストネスを決める要因 遺伝子発現は円を描く。mRNA分解に関わる因子はmRNA合成も手伝う。 gTOW6000論文・超（長）解説を書きました。 負のフィードバックは、酵母の転写因子制御に「変異に対するロバストネス」を付与する。 分子機械の複雑さを増やす方向への進化 近藤滋氏が細胞工学に「生命科学の明日はどっちだ」を連載中 The evolution of fungal drug resistance: modulating the trajectory from genotype to phenotype ”Fragile”という言葉 ”Robustness: mechanisms and consequences” 人物 イエローチップの（驚くべき）使い方：番外編 追悼：Angelika Amon氏 野生の酵母が異数性に強い理由（というより実験室酵母が異数性に弱い理由）が判明した それはスクリーニング？ それともプロファイリング？ 大隅先生ノーベル賞受賞記念、「酵母 vs ウーパールーパースライドを公開します。 David Goodsell氏が変えるかもしれない「細胞・タンパク質」のイメージ gTOW6000論文・超（長）解説を書きました。 和製英文誌のインパクトファクターをあげる努力 「生命科学者の伝記を読む」仲野 徹 不誠実な研究発表 「酵母コロキアム」始めました＆皆さん参加よろしくお願いします。 “Working in yeast… the rate-limiting step is your brain.” 近藤滋氏が細胞工学に「生命科学の明日はどっちだ」を連載中 Uri AlonによるSystems BiologyのLecture 日本農芸化学会中国支部 第14回市民フォーラム 酵母を用いた細胞周期の解析ーDavid Morgan氏のレクチャー 吉田知史（Satoshi Yoshida） Alexander van Oudenaarden 会議 Gather.townで100人規模の研究会を行った 「酵母研究ルネッサンス2016」を行いました 「ジンクピリチオン祭り in 分子生物学会」前夜祭 on Twitter 不誠実な研究発表 ２つのInternational Conference on Systems Biology 酵母遺伝学・分子生物学国際会議 日本農芸化学会中国支部 第14回市民フォーラム CREST「生命システムの動作原理と基盤技術」シンポジウムに参加して The 11th Internatinal Conference on Systems Biology 2010 名言 それはスクリーニング？ それともプロファイリング？ 「Systems Biology」の定義 “Working in yeast… the rate-limiting step is your brain.” 大規模解析 遺伝子発現量を正確に予言するAIが生まれた（1/n） 酵母ミトコンドリアの（ちゃんとした）タンパク質カタログ それはスクリーニング？ それともプロファイリング？ （現在最強の）タンパク質局在データベース 酵母の遺伝子ライブラリーあれこれ (2) ナノポアシーケンサーMinIONインプレッション 酵母の遺伝子ライブラリーあれこれ (1) タンパク質を発現量で分けて眺めるだけでも面白い トランスポゾンによるローラー作戦でゲノムの機能領域をマッピングする 実験結果 遺伝子発現量を正確に預言するAIが生まれた（2/n）ー預言を検証してみる 微生物実験でのイエローチップの（驚くべき）使い方 ナノポアシーケンサーMinIONインプレッション Cas9は試験管内でもDNAを(めっちゃ)切る!? 大腸菌で思いっきりGFPを発現してみた 死ぬほどGFPを発現している酵母はミドリゾウリムシに食われることで科学に貢献する ウエスタンブロッティング、自動化への道（その１） 改変型GFPはウエスタンでの検出でも優れている？ ホルモンを利用した新しい遺伝子発現制御システム エクセルのグラフ機能で電気泳動のバンドサイズを評価する 酵母のSTAP現象、ではなく自家蛍光を観察する。 酵母の増殖フェーズとGFPの蛍光の変化 更新記録 Gather.townで100人規模の研究会を行った 酵母研究ルネッサンス令和元年を開催しました 出芽酵母遺伝子の機能がすべてKnownになる日 異数性細胞は低浸透圧様のストレスを受けている（追記あり） 大隅先生ノーベル賞受賞記念、「酵母 vs ウーパールーパースライドを公開します。 「摂動」から始めるべき？ ゲノム重複とACE2の変異により、出芽酵母は多細胞化し早く沈殿するように進化する。 酵母とシステムバイオロジーの国際会議 カネカイーストでパン作り Bioneerで売っている分裂酵母の破壊株の注意点 酵母で死ぬほどGFPを発現してみました。 「矛盾した制御ループ（iFFL）」と「理にかなった制御ループ（cFFL）」 化学と生物に掲載した「生命システムのロバストネスを探る」がJ-STAGEで公開されました。 酵母での配偶子形成は、老化による細胞のダメージを取り除き、寿命をリセットする 酵母中心体の細胞周期におけるリン酸プロテオーム PukiWiki for WordPress プラグイン 本日のブログ更新 WordPressでブログを始めます。 研究用のブログを始めます。 書籍 書籍：酵母 生命研究のスーパースター 書籍：酵母の生命科学と生物工学 「パスツール効果」なんて存在しない？ 迷惑な進化―病気の遺伝子はどこから来たのか 「生命科学者の伝記を読む」仲野 徹 近藤滋氏が細胞工学に「生命科学の明日はどっちだ」を連載中 Yeast Molecular and Cell Biology 酵母のすべて システム生物学がわかる！ーセルイラストレータを使ってみよう 酵母 [究極の細胞] ティンバーゲンのネタを見つけるための「４つの問題」 現代生物科学入門８「システムバイオロジー」 用語解説 AlphaFold2は「3Dプリンターでタンパク質を打ち出してみよう業界」にも変革をもたらした シリーズ過剰発現・第11回「デノボ遺伝子誕生」 YeastSpotter：出芽酵母細胞を認識するツール パスツール効果なんて存在しない？(２) "KOD"ポリメラーゼに対する認識の世代間格差？ 「過剰発現」で最も引用されている論文 制限酵素のイタリック表記は必要ない 遺伝子が発現しない？ ロバストネスとは何か 岐路に立つ酵母の栄養要求性マーカー Wikipediaの「シグナル配列」はどこから来たのか？ 負のフィードバックは、酵母の転写因子制御に「変異に対するロバストネス」を付与する。 「Systems Biology」の定義 ジンクピリチオンの分子生物学的な効果 「矛盾した制御ループ（iFFL）」と「理にかなった制御ループ（cFFL）」 統合的なコンピュータモデル、ロバストネスと脆弱性 細胞周期 YeastSpotter：出芽酵母細胞を認識するツール 細胞周期のダイナミクスは「鹿威し原理」で動いている、という話。 CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（４ 最終回） CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（３） CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（２） CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（１） スピンドルチェックポイントのロバストネスを決める要因 書籍：酵母 生命研究のスーパースター “Working in yeast… the rate-limiting step is your brain.” 最小のCDK制御ネットワークによる細胞周期の駆動 細胞周期と概日リズムに関するとある議論 Periodic cyclin-Cdk activity entrains an autonomous Cdc14 release oscillator. 要チェック論文 WTC846：これで決まり（？！）な酵母の転写制御システム ディープラーニングによる細胞の階層的構造や機能のモデル化 SRPはタンパク質輸送の効率と特異性を決める トランスポゾンによるローラー作戦でゲノムの機能領域をマッピングする エネルギーが制限された状態では細胞質が固くなる。 遺伝子の必須性は細胞の進化可能性にリンクした定量的特性である BYシリーズ酵母株のためのゴールドスタンダード完全培地 コドンの最適度はmRNAの安定性を決める主要な要因である。 タンパク質合成速度の絶対定量により、細胞のリソース配分の原理が明らかになった。 出芽酵母と（分裂酵母とHeLa細胞）のタンパク質のコピー数測定 遺伝子発現は円を描く。mRNA分解に関わる因子はmRNA合成も手伝う。 「Systems Biology」の定義 今日の要チェック論文 覚え書き 細胞あたりのタンパク質の分子数はいくつ？ 「過剰発現」で最も引用されている論文 制限酵素のイタリック表記は必要ない 改変型GFPはウエスタンでの検出でも優れている？ Selective ploidy ablation: プラスミドをハイスループットに移す方法 BYシリーズ酵母株のためのゴールドスタンダード完全培地 酵母の増殖フェーズとGFPの蛍光の変化 leu2-3,-112の変異の場所 CellDesigner4.3で描いたダイアグラムのファイルが開かなくなる現象への対応 Wikipediaの「シグナル配列」はどこから来たのか？ S. cerevisiaeにRNAiマシナリーがない理由 RNAseqとマイクロアレイによるmRNAの定量ーある解析例 Mendeleyがもたらす研究革命？ Macのトラブルいくつか 出芽酵母の遺伝子ファミリーの数 論文 異数性による増殖への影響を決める因子を比較モデリングにより明らかにする 活動しない人工染色体が教えてくれること 単細胞の酵母を巨大な「多細胞」に進化させた 遺伝子発現量を正確に予言するAIが生まれた（1/n） 酵母でSARS-CoV-2ゲノムを再構築 野生の酵母が異数性に強い理由（というより実験室酵母が異数性に弱い理由）が判明した YeastSpotter：出芽酵母細胞を認識するツール 異数性細胞は低浸透圧様のストレスを受けている（追記あり） ミトコンドリアの進化に向けた酵母の細胞内共生体の作成 酵母ミトコンドリアの（ちゃんとした）タンパク質カタログ 酵母の遺伝子ライブラリーあれこれ (2) 「人工酵母菌ゲノム開発プロジェクト」について少し解説 ディープラーニングによる細胞の階層的構造や機能のモデル化 SRPはタンパク質輸送の効率と特異性を決める パスツール効果なんて存在しない？(２) 酵母の遺伝子ライブラリーあれこれ (1) トランスポゾンによるローラー作戦でゲノムの機能領域をマッピングする 死ぬほどGFPを発現している酵母はミドリゾウリムシに食われることで科学に貢献する 細胞周期のダイナミクスは「鹿威し原理」で動いている、という話。 遺伝子重複は、頑健性ではなく脆弱性を酵母のタンパク質相互作用ネットワークに付与する。 遺伝子発現レベルが増殖に及ぼす効果の大規模並列調査 濃度依存的な液相分離はタンパク質の発現上昇にともなう毒性の原因となる エネルギーが制限された状態では細胞質が固くなる。 遺伝子の必須性は細胞の進化可能性にリンクした定量的特性である 過剰発現実験の定量的側面 ホルモンを利用した新しい遺伝子発現制御システム Selective ploidy ablation: プラスミドをハイスループットに移す方法 Proteomap : プロテオームを可視化する新しい方法 BYシリーズ酵母株のためのゴールドスタンダード完全培地 岐路に立つ酵母の栄養要求性マーカー Saccharomyces cerevisiaeの第VII染色体にコードされている小さな毒性のあるタンパク質 コドンの最適度はmRNAの安定性を決める主要な要因である。 原始遺伝子と遺伝子の新生 タンパク質合成速度の絶対定量により、細胞のリソース配分の原理が明らかになった。 CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（３） CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（２） CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（１） スピンドルチェックポイントのロバストネスを決める要因 出芽酵母と（分裂酵母とHeLa細胞）のタンパク質のコピー数測定 出芽酵母の統合的フェノミクスによって明らかになった表現型多様性の構造 ゲノム重複とACE2の変異により、出芽酵母は多細胞化し早く沈殿するように進化する。 酵母の熱ショックでの生存に必要な遺伝子は、代謝や信号伝達に関わっていて、熱ショックで誘導される遺伝子とはほとんど一致しない。 遺伝子発現は円を描く。mRNA分解に関わる因子はmRNA合成も手伝う。 S. cerevisiaeにRNAiマシナリーがない理由 出芽酵母のすべての「ターミネーター」の活性測定 バーコード化された過剰発現系を使った酵母の遺伝子機能解析 酵母のダイオキシックシフトのマルチオミックス解析 RNAseqとマイクロアレイによるmRNAの定量ーある解析例 gTOW6000論文・超（長）解説を書きました。 分裂酵母で“使える”誘導型のプロモーターが見つかるのはいつの日か？ 遺伝子型から表現型を予測する全細胞レベルのコンピュータモデル 集団レベルと単一細胞レベルにおける、モデル予測による遺伝子発現の長期的な制御 タンパク質のダイナミクスを測る、蛍光蛋白質タイマー 「パスツール効果」なんて存在しない？ Hsp90ストレスは異数性を誘導し、細胞の急速な適応を可能にする。 負のフィードバックは、酵母の転写因子制御に「変異に対するロバストネス」を付与する。 Mendeleyがもたらす研究革命？ 和製英文誌のインパクトファクターをあげる努力 「Systems Biology」の定義 分子機械の複雑さを増やす方向への進化 酵母で機能し、設計に応じて表現型の多様性を生み出す合成染色体腕 論文の図とレジェンドに見る悪しき伝統 出芽酵母の発現ベクターに使えるプロモーターの特性評価 最小のCDK制御ネットワークによる細胞周期の駆動 分裂酵母の薬剤耐性選択マーカー 今日の要チェック論文 分裂酵母のプロテオームとトランスクリプトームの比較プロファイリング 遺伝子回路におけるネットワーク量補償の一般的メカニズム Cell誌 Systems Biology特集号 アンチセンスな発現は、遺伝子発現のばらつきと遺伝子ローカスの相互依存性を増加させる。 酵母ゲノムの３次元モデル A Consensus of Core Protein Complex Compositions for Saccharomyces cerevisiae. 酵母の細胞周期制御に見られる量的不均衡が生み出す脆弱性 Alternative splicing of PTC7 in Saccharomyces cerevisiae determines protein localization. Transcript counting in single cells reveals dynamics of rDNA transcription. Moonlighting proteins in yeasts. Cloning whole bacterial genomes in yeast. Plasmid Construction Using Recombination Activity in the Fission Yeast Schizosaccharomyces pombe Whole-genome sequencing of a laboratory-evolved yeast strain. Translation efficiency is determined by both codon bias and folding energy. A circadian clock in Saccharomyces cerevisiae. ”Abundance of Ribosomal RNA Gene Copies Maintains Genome Integrity” ”Robustness: mechanisms and consequences” 過剰発現 異数性による増殖への影響を決める因子を比較モデリングにより明らかにする 遺伝子発現量を正確に預言するAIが生まれた（2/n）ー預言を検証してみる WTC846：これで決まり（？！）な酵母の転写制御システム 野生の酵母が異数性に強い理由（というより実験室酵母が異数性に弱い理由）が判明した 異数性細胞は低浸透圧様のストレスを受けている（追記あり） 酵母の遺伝子ライブラリーあれこれ (2) 酵母の遺伝子ライブラリーあれこれ (1) 大腸菌で思いっきりGFPを発現してみた 死ぬほどGFPを発現している酵母はミドリゾウリムシに食われることで科学に貢献する 「過剰発現」で最も引用されている論文 遺伝子発現レベルが増殖に及ぼす効果の大規模並列調査 解説記事「細胞のタンパク質発現のリソース配分とキャパシティ」を化学と生物に書きました。 濃度依存的な液相分離はタンパク質の発現上昇にともなう毒性の原因となる 酵母 異数性による増殖への影響を決める因子を比較モデリングにより明らかにする 活動しない人工染色体が教えてくれること 単細胞の酵母を巨大な「多細胞」に進化させた 遺伝子発現量を正確に預言するAIが生まれた（2/n）ー預言を検証してみる 遺伝子発現量を正確に予言するAIが生まれた（1/n） WTC846：これで決まり（？！）な酵母の転写制御システム 追悼：Angelika Amon氏 酵母でSARS-CoV-2ゲノムを再構築 野生の酵母が異数性に強い理由（というより実験室酵母が異数性に弱い理由）が判明した YeastSpotter：出芽酵母細胞を認識するツール 異数性細胞は低浸透圧様のストレスを受けている（追記あり） ミトコンドリアの進化に向けた酵母の細胞内共生体の作成 酵母ミトコンドリアの（ちゃんとした）タンパク質カタログ （現在最強の）タンパク質局在データベース 酵母の遺伝子ライブラリーあれこれ (2) 「人工酵母菌ゲノム開発プロジェクト」について少し解説 ディープラーニングによる細胞の階層的構造や機能のモデル化 SRPはタンパク質輸送の効率と特異性を決める パスツール効果なんて存在しない？(２) ナノポアシーケンサーMinIONインプレッション 酵母の遺伝子ライブラリーあれこれ (1) トランスポゾンによるローラー作戦でゲノムの機能領域をマッピングする 細胞あたりのタンパク質の分子数はいくつ？ 死ぬほどGFPを発現している酵母はミドリゾウリムシに食われることで科学に貢献する 遺伝子重複は、頑健性ではなく脆弱性を酵母のタンパク質相互作用ネットワークに付与する。 暗闇で光る酵母（のモデル）は相当かわいい 「酵母研究ルネッサンス2016」を行いました 生命システムの美 酵母研究ルネッサンス2013メモ 遺伝子発現レベルが増殖に及ぼす効果の大規模並列調査 大隅先生ノーベル賞受賞記念、「酵母 vs ウーパールーパースライドを公開します。 解説記事「細胞のタンパク質発現のリソース配分とキャパシティ」を化学と生物に書きました。 濃度依存的な液相分離はタンパク質の発現上昇にともなう毒性の原因となる エネルギーが制限された状態では細胞質が固くなる。 次の酵母研究を牽引するのは「進化実験」だ。 遺伝子の必須性は細胞の進化可能性にリンクした定量的特性である 「赤色蛍光タンパク質 yEmRFP/mCherry が切れちゃう謎」が解決した 過剰発現実験の定量的側面 ホルモンを利用した新しい遺伝子発現制御システム Selective ploidy ablation: プラスミドをハイスループットに移す方法 BYシリーズ酵母株のためのゴールドスタンダード完全培地 岐路に立つ酵母の栄養要求性マーカー Saccharomyces cerevisiaeの第VII染色体にコードされている小さな毒性のあるタンパク質 コドンの最適度はmRNAの安定性を決める主要な要因である。 原始遺伝子と遺伝子の新生 酵母のSTAP現象、ではなく自家蛍光を観察する。 酵母の増殖フェーズとGFPの蛍光の変化 leu2-3,-112の変異の場所 CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（４ 最終回） CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（３） CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（２） CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（１） スピンドルチェックポイントのロバストネスを決める要因 出芽酵母と（分裂酵母とHeLa細胞）のタンパク質のコピー数測定 出芽酵母の統合的フェノミクスによって明らかになった表現型多様性の構造 「世界の酵母」入荷しました。 ゲノム重複とACE2の変異により、出芽酵母は多細胞化し早く沈殿するように進化する。 酵母の熱ショックでの生存に必要な遺伝子は、代謝や信号伝達に関わっていて、熱ショックで誘導される遺伝子とはほとんど一致しない。 遺伝子発現は円を描く。mRNA分解に関わる因子はmRNA合成も手伝う。 書籍：酵母 生命研究のスーパースター 書籍：酵母の生命科学と生物工学 S. cerevisiaeにRNAiマシナリーがない理由 出芽酵母のすべての「ターミネーター」の活性測定 バーコード化された過剰発現系を使った酵母の遺伝子機能解析 酵母のダイオキシックシフトのマルチオミックス解析 酵母で死ぬほどGFPを発現してみました（その２）。 RNAseqとマイクロアレイによるmRNAの定量ーある解析例 gTOW6000論文・超（長）解説を書きました。 分裂酵母で“使える”誘導型のプロモーターが見つかるのはいつの日か？ 遺伝子発現差解析はマイクロアレイ？、それともRNAseq？ 集団レベルと単一細胞レベルにおける、モデル予測による遺伝子発現の長期的な制御 タンパク質のダイナミクスを測る、蛍光蛋白質タイマー 「パスツール効果」なんて存在しない？ Hsp90ストレスは異数性を誘導し、細胞の急速な適応を可能にする。 負のフィードバックは、酵母の転写因子制御に「変異に対するロバストネス」を付与する。 分子機械の複雑さを増やす方向への進化 酵母で機能し、設計に応じて表現型の多様性を生み出す合成染色体腕 ジンクピリチオンの分子生物学的な効果 「酵母コロキアム」始めました＆皆さん参加よろしくお願いします。 “Working in yeast… the rate-limiting step is your brain.” Bioneerで売っている分裂酵母の破壊株の注意点 合成遺伝子で「コドンの最適化」をどう行なうのか？ 出芽酵母の発現ベクターに使えるプロモーターの特性評価 酵母遺伝学・分子生物学国際会議 最小のCDK制御ネットワークによる細胞周期の駆動 出芽酵母の遺伝子ファミリーの数 分裂酵母の薬剤耐性選択マーカー 日本農芸化学会中国支部 第14回市民フォーラム 今日の要チェック論文 出芽酵母と分裂酵母の基本知識 分裂酵母のプロテオームとトランスクリプトームの比較プロファイリング 遺伝子回路におけるネットワーク量補償の一般的メカニズム 酵母が持つ、放射線のダメージからDNAを修復する能力 アンチセンスな発現は、遺伝子発現のばらつきと遺伝子ローカスの相互依存性を増加させる。 酵母ゲノムの３次元モデル A Consensus of Core Protein Complex Compositions for Saccharomyces cerevisiae. Yeast Molecular and Cell Biology 酵母のすべて A global protein kinase and phosphatase interaction network in yeast. The Cellを通して見る酵母のモデル細胞としての役割 Periodic cyclin-Cdk activity entrains an autonomous Cdc14 release oscillator. 酵母の細胞周期制御に見られる量的不均衡が生み出す脆弱性 Alternative splicing of PTC7 in Saccharomyces cerevisiae determines protein localization. Transcript counting in single cells reveals dynamics of rDNA transcription. Metabolic cycling in single yeast cells from unsynchronized steady-state populations limited on glucose or phosphate. 酵母 [究極の細胞] The 2010 Yeast Genetics and Molecular Biology Meetingにエントリーしました。 The evolution of fungal drug resistance: modulating the trajectory from genotype to phenotype Moonlighting proteins in yeasts. 酵母研究のゴールデンエイジ 酵母を用いた細胞周期の解析ーDavid Morgan氏のレクチャー Cloning whole bacterial genomes in yeast. Plasmid Construction Using Recombination Activity in the Fission Yeast Schizosaccharomyces pombe 吉田知史（Satoshi Yoshida） Whole-genome sequencing of a laboratory-evolved yeast strain. Translation efficiency is determined by both codon bias and folding energy. Evidence for widespread adaptive evolution of gene expression in budding yeast. A circadian clock in Saccharomyces cerevisiae. 酵母研究者のMLで酵母の遺伝子破壊について盛り上がっている。 ”Abundance of Ribosomal RNA Gene Copies Maintains Genome Integrity” このサイトについて サイトマップ 新着記事 更新記録 (Visited 3,264 times, 1 visits this week)