シリーズ過剰発現・コンテンツ
現在本ブログで連載中の「シリーズ過剰発現」のコンテンツです。皆さんにコメントを頂きながら記事を改善していきたいと思いますので、何なりとコメントをお寄せください。「こういうのも書いて欲しい」というのがあればそれもお寄せくだ…
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最新記事
遺伝子発現量を正確に予言するAIが生まれた（1/n）
震撼ものの論文の紹介です。前回に続いて、AI（Deep Learning）がもたらした変革についてのエントリーです。 Vaishnav ED, de Boer CG, Molinet J, Yassour M, Fan …
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AlphaFold2は「3Dプリンターでタンパク質を打ち出してみよう業界」にも変革をもたらした
待ち望まれた構造予測のツール AlphaFold2 (AF2) 最近の生命科学において最も大きなトピックは、AIによるタンパク質の構造予測の実現、すなわちAlphaFold2（AF2）の登場だと思います。これは何十年も待…
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Gather.townで100人規模の研究会を行った
先日、地方の研究会の幹事を仰せつかった。これをGathter.townで行ったので記録として残しておこうと思う。 Gather.townでの学会（特にポスター発表）はそれなりの学会で行われているが、ゼロから立ち上げて会を…
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WTC846：これで決まり（？！）な酵母の転写制御システム
bioRxivに掲載されている、非常に優れた出芽酵母の転写制御システムの論文です（追記：eLifeに出版されました）。 A precisely adjustable, variation-suppressed eukar…
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追悼：Angelika Amon氏
昨晩、Twitterでショックなニュースが飛び込んできました。MIT教授のAngelika Amon氏がお亡くなりになったと。このブログの趣旨とは少し異なりますが、私たちの研究に大きな影響を与えた、そしてこれからも与える…
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クライオEMがタンパク質３Dプリンティングに与えた衝撃
今回も、なぜか（？）あまり人気の無いタンパク質３Dプリンティングのエントリーです。 2017年のノーベル化学賞の受賞対象ともなったクライオEM（低温電子顕微鏡法）によって、次々とタンパク質の構造が明らかになっています。ク…
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シリーズ過剰発現・第11回「デノボ遺伝子誕生」
シリーズ過剰発現の「1. 過剰発現を理解するための背景」の最後のエントリーです。過剰発現について解説していくはずが、少し話がそれて遺伝子の定義の話になっています。その最後、最近の話題として、「デノボ遺伝子誕生」を解説しよ…
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シリーズ過剰発現・第10回「怪しいORFの面白さ」
前回に引き続いて、Dubious (怪しい) ORFについての話題です。生物データを眺めてみると怪しいORFの怪しさが見えてくる、という話をしてみたいと思います。 いきなりですが、生物のデータは対数正規分布をとることが多…
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シリーズ過剰発現・第9回「怪しいORF」
前回のエントリーで、ゲノム上の機能的なORFを定義、アノテーションしようとする努力について少し解説しました。今回はその中の、「（便宜的に）100aa以上のタンパク質をコードするORF」について考えてみたいと思います。 前…
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シリーズ過剰発現・第8回「遺伝子・ORFはどのように決められるか？」
前回までのエントリーで、ポストゲノムのシステマティックな遺伝子の機能解析、特に遺伝子破壊ライブラリーや過剰発現ライブラリーでは、ゲノムのアノテーションをベースに遺伝子を調べていくと解説しました。本エントリーでは、その「遺…
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