Proteomap : プロテオームを可視化する新しい方法

Visual account of protein investment in cellular functions. Liebermeister W, Noor E, Flamholz A, Davidi D, Ber…
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ウェブページ, システムバイオロジー, ソフトウェア, テクノロジー, 論文
Blog for Yeast and Systems Biology Research
Visual account of protein investment in cellular functions. Liebermeister W, Noor E, Flamholz A, Davidi D, Ber…
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実験室での微生物の培養には、それぞれの微生物に適した培地が使われます。私たちが使っている出芽酵母(Saccharomyces cerevisiae)の場合、富栄養培地としてYPD(yeast extract, pepto…
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システムバイオロジー, 要チェック論文, 覚え書き, 論文, 酵母
酵母の遺伝子組み換え実験で古くから用いられてきたものに、栄養要求性(auxotrophic)マーカーがあります。 例えば、染色体上のロイシンの合成酵素の遺伝子LEU2を壊した株では、自身でロイシンを合成できないためロイシ…
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Codon optimality is a major determinant of mRNA stability. Presnyak V, Alhusaini N, Chen YH, Martin S, Morris …
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システムバイオロジー, 要チェック論文, 論文, 酵母
Proto-genes and de novo gene birth. Carvunis AR, Rolland T, Wapinski I, Calderwood MA, Yildirim MA, Simonis N,…
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システムバイオロジー, 論文, 酵母
最近思っていることなのですが、いくつかの口演で話をしてそれなりに感触を掴んだのでブログにアップしてみたいと思います。 私の研究室では「システム生物学」をやっています。システム生物学の定義は曖昧で、既存の生物学と何が違うの…
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エッセイ, システムバイオロジー, ロバストネス, 更新記録
Quantifying absolute protein synthesis rates reveals principles underlying allocation of cellular resources. L…
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「CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう(3)」の続きです。 いろんなエラーがあって動かないシミュレーションを動くようにしていきます。 モデルのエラーを修正する(1/2…
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システムバイオロジー, ソフトウェア, モデリング, 細胞周期, 酵母
前回「CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう(2)」の続きです。 ダイアグラムが完成しましたのでパラメーターや数式をいれてモデルを完成させます。 数理モデルの構築(1/…
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前回「CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう(1)」の続きです。 それでは早速始めてみましょう。まず初めにすることはモデルのダイアグラム(線図)を作ることです。CellDesigne…
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