Proteomap : プロテオームを可視化する新しい方法
Visual account of protein investment in cellular functions. Liebermeister W, Noor E, Flamholz A, Davidi D, Ber…
Read more
ウェブページ, システムバイオロジー, ソフトウェア, テクノロジー, 論文
システムバイオロジー
BYシリーズ酵母株のためのゴールドスタンダード完全培地
実験室での微生物の培養には、それぞれの微生物に適した培地が使われます。私たちが使っている出芽酵母（Saccharomyces cerevisiae）の場合、富栄養培地としてYPD（yeast extract, pepto…
Read more
システムバイオロジー, 要チェック論文, 覚え書き, 論文, 酵母
岐路に立つ酵母の栄養要求性マーカー
酵母の遺伝子組み換え実験で古くから用いられてきたものに、栄養要求性（auxotrophic）マーカーがあります。 例えば、染色体上のロイシンの合成酵素の遺伝子LEU2を壊した株では、自身でロイシンを合成できないためロイシ…
Read more
コドンの最適度はmRNAの安定性を決める主要な要因である。
Codon optimality is a major determinant of mRNA stability. Presnyak V, Alhusaini N, Chen YH, Martin S, Morris …
Read more
システムバイオロジー, 要チェック論文, 論文, 酵母
原始遺伝子と遺伝子の新生
Proto-genes and de novo gene birth. Carvunis AR, Rolland T, Wapinski I, Calderwood MA, Yildirim MA, Simonis N,…
Read more
システムバイオロジー, 論文, 酵母
「摂動」から始めるべき？
最近思っていることなのですが、いくつかの口演で話をしてそれなりに感触を掴んだのでブログにアップしてみたいと思います。 私の研究室では「システム生物学」をやっています。システム生物学の定義は曖昧で、既存の生物学と何が違うの…
Read more
エッセイ, システムバイオロジー, ロバストネス, 更新記録
タンパク質合成速度の絶対定量により、細胞のリソース配分の原理が明らかになった。
Quantifying absolute protein synthesis rates reveals principles underlying allocation of cellular resources. L…
Read more
CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（４ 最終回）
「CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（３）」の続きです。 いろんなエラーがあって動かないシミュレーションを動くようにしていきます。 モデルのエラーを修正する（1/2…
Read more
システムバイオロジー, ソフトウェア, モデリング, 細胞周期, 酵母
CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（３）
前回「CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（２）」の続きです。 ダイアグラムが完成しましたのでパラメーターや数式をいれてモデルを完成させます。 数理モデルの構築（1/…
Read more
CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（２）
前回「CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（１）」の続きです。 それでは早速始めてみましょう。まず初めにすることはモデルのダイアグラム（線図）を作ることです。CellDesigne…
Read more