Proteomap : プロテオームを可視化する新しい方法

Visual account of protein investment in cellular functions. Liebermeister W, Noor E, Flamholz A, Davidi D, Bernhardt J, Milo R. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014 Jun 10;111(23):8488-93. doi:10.1073/pnas.1314810111. Epub 2014 Jun 2. PMID:24889604

近年、細胞内でのタンパク質発現量の全体像（プロテオーム）のデータが高精度かつ網羅的に測定できるようになってきました。以前の本ブログでも、ゴールドスタンダードになるだろうというプロテオームのデータを紹介しました。

次の問題は、どうやって人の直感を刺激する形でこのような膨大な数値データを可視化するかです。

例えば、以下のグラフは出芽酵母の各タンパク質の発現量です。

Protein expression levels in Yeast — 出芽酵母のプロテオーム。タンパク質発現量の順番に並べてあります。

「発現量はそれぞれ大きく異なっているんだなぁ」という以上の情報を得ることは難しいですね。しょうがないので個別にデータを眺めてみて、なんとなく頭のなかでイメージをつくるしかありません。ヒートマップや円グラフで発現量の高い低いを見ることは、これよりはましですがやはり全体像をイメージするには十分ではありません。

そこで作られたのが、Proteomapです。

Proteomapでは、発現量が高いものをより大きなポリゴンで描き、機能カテゴリーが近いものを近くに集め近い色使いで描きます。そうすることで、細胞がどのような機能カテゴリーにあるタンパク質をよりたくさん作っているのかがわかります。

タンパク質がよりたくさん発現するということは、それだけタンパク質合成にコストがかかっているということであり、細胞がどれだけそのプロセスにリソースを割いているのかが想像できます。

Proteomapのサイトでは、自分達のデータをつかってProteomapを作ることもできます。

以下は、出芽酵母のプロテオームのデータ（Kulak 2014）をProteomapで示した例です。