モデリング | 酵母とシステムバイオロジー

「システムバイオロジー」という研究志向

「システムバイオロジー」という研究志向について問い合わせがあったので、自分なりの考えをまとめてみました。「システムバイオロジー」とひとくくりに言っても、研究志向に共通性があるだけで、その研究者が対象としている生命現象に…
Read more

Using deep learning to model the hierarchical structure and function of a cell. Ma J, Yu MK, Fong S, Ono K, Sa…
Read more

「CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（３）」の続きです。いろんなエラーがあって動かないシミュレーションを動くようにしていきます。モデルのエラーを修正する（1/2…
Read more

前回「CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（２）」の続きです。ダイアグラムが完成しましたのでパラメーターや数式をいれてモデルを完成させます。数理モデルの構築（1/…
Read more

前回「CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（１）」の続きです。それでは早速始めてみましょう。まず初めにすることはモデルのダイアグラム（線図）を作ることです。CellDesigne…
Read more

出芽酵母の細胞周期の数理モデル細胞周期の数理モデルとして有名なのは、John Tysonのグループが2004年に発表した、”Chen2004モデル”です。発表されたのはもう10年も前ですが、出芽…
Read more

Integrative phenomics reveals insight into the structure of phenotypic diversity in budding yeast. Skelly DA, …
Read more

Temporal system-level organization of the switch from glycolytic to gluconeogenic operation in yeast.　Zampar G…
Read more

A whole-cell computational model predicts phenotype from genotype. Karr JR, Sanghvi JC, Macklin DN, Gutschow M…
Read more

Long-term model predictive control of gene expression at the population and single-cell levels. Uhlendorf J, M…
Read more