出芽酵母と（分裂酵母とHeLa細胞）のタンパク質のコピー数測定

Kulak NA, Pichler G, Paron I, Nagaraj N, Mann M. Nat Methods. 2014 Mar;11(3):319-24. doi: 10.1038/nmeth.2834. Epub 2014 Feb 2. PMID: 24487582

どちらかと言うと覚え書きです。

マススペクトロメトリーで酵母とヒト（HeLa）細胞の各タンパク質のコピー数を測ったものです。今までは、TAP-タグとウエスタンブロッティングを使って測られていたGhaemmaghami 2003（ガエムマガミと読むらしい）データが “Gold Standard”だったのですが、これからは上記のデータを使うべきかなと。

Ghaemmaghami 2003では3868のタンパク質が同定されていて、Kulak 2014では4578のタンパク質が同定されています。また、前者はタグをつけているのでタグ付加によってタンパク質の機能や安定性が変わることや、膜タンパク質の測定がただしく行われていないなどのデメリットがあったと考えられます。なお、両者で測ることのできたタンパク質のコピー数のPearson相関は0.37程度でした。

ちなみに、この論文では出芽酵母と分裂酵母のオーソログのタンパク質発現量の比較も行っていて、R二乗値が0.78と、とても良く相関しているということでした。