（現在最強の）タンパク質局在データベース
出芽酵母（S.cerevisiae）のタンパク質の局在解析については、USCF（当時）のErin O’Sheaらの金字塔的研究が有名です（文献１）。出芽酵母のほぼすべてのタンパク質をGFP融合タンパク質として…
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最新記事
酵母の遺伝子ライブラリーあれこれ (2)
ずいぶん間が空いてしまいましたが、「酵母の遺伝子ライブラリーあれこれ」のその２です。学会で「続きを書いてほしい」というリクエストをもらいましたので頑張って書きたいと思います。その１のエントリーはこちらです。 前回は、ラン…
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「システムバイオロジー」という研究志向
「システムバイオロジー」という研究志向について問い合わせがあったので、自分なりの考えをまとめてみました。 「システムバイオロジー」とひとくくりに言っても、研究志向に共通性があるだけで、その研究者が対象としている生命現象に…
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「モデル」としてすばらしいリボソームの３Ｄモデル
このブログではこれまでもいくつか3Dプリンターで作ったタンパク質のモデルを紹介してきました。最近も講義の一環で色々と打ち出していたのですが、いよいよ辿り着いたのがリボソーム。ただ、リボソームは細胞の中でも最も大きな構造体…
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「人工酵母菌ゲノム開発プロジェクト」について少し解説
以前このブログで紹介した、「酵母の染色体を人間が全部作り直そう」というプロジェクトは、その後、国際プロジェクト「Synthetic Yeast 2.0（Sc2.0）」に発展し、2017年3月には30％が終了したという中間…
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ディープラーニングによる細胞の階層的構造や機能のモデル化
Using deep learning to model the hierarchical structure and function of a cell. Ma J, Yu MK, Fong S, Ono K, Sa…
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SRPはタンパク質輸送の効率と特異性を決める
Defining the physiological role of SRP in protein-targeting efficiency and specificity. Costa EA, Subramanian …
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パスツール効果なんて存在しない？(２)
以前、「パスツール効果なんて存在しない？」というエントリーを書きました。要約すると「高校生物の教科書に書かれている『パスツール効果』は、S. cerevisiae（#1）の通常の培養条件では観察されない」というものです。…
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ナノポアシーケンサーMinIONインプレッション
Nanoporeシーケンサーは、DNAを一分子ずつ小さな穴（nanopore）を通し、AGCTの塩基が通る際の電流変化の違いを利用してDNAの塩基配列を解読しようとする、次次世代（？）のシーケンサーです。DNAを断片化し…
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Cas9は試験管内でもDNAを(めっちゃ)切る!?
CRISPR-Cas9によるゲノム編集技術、近いうちに間違いなくノーベル賞をとる革新的技術です。我が酵母においても、この技術を使って盛んにゲノムの大規模な編集が行われ、毎日のように論文が出ています。私も一応この実験系を動…
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