「システムバイオロジー」という研究志向
「システムバイオロジー」という研究志向について問い合わせがあったので、自分なりの考えをまとめてみました。 「システムバイオロジー」とひとくくりに言っても、研究志向に共通性があるだけで、その研究者が対象としている生命現象に…
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最新記事
「モデル」としてすばらしいリボソームの３Ｄモデル
このブログではこれまでもいくつか3Dプリンターで作ったタンパク質のモデルを紹介してきました。最近も講義の一環で色々と打ち出していたのですが、いよいよ辿り着いたのがリボソーム。ただ、リボソームは細胞の中でも最も大きな構造体…
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「人工酵母菌ゲノム開発プロジェクト」について少し解説
以前このブログで紹介した、「酵母の染色体を人間が全部作り直そう」というプロジェクトは、その後、国際プロジェクト「Synthetic Yeast 2.0（Sc2.0）」に発展し、2017年3月には30％が終了したという中間…
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ディープラーニングによる細胞の階層的構造や機能のモデル化
Using deep learning to model the hierarchical structure and function of a cell. Ma J, Yu MK, Fong S, Ono K, Sa…
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SRPはタンパク質輸送の効率と特異性を決める
Defining the physiological role of SRP in protein-targeting efficiency and specificity. Costa EA, Subramanian …
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パスツール効果なんて存在しない？(２)
以前、「パスツール効果なんて存在しない？」というエントリーを書きました。要約すると「高校生物の教科書に書かれている『パスツール効果』は、S. cerevisiae（#1）の通常の培養条件では観察されない」というものです。…
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ナノポアシーケンサーMinIONインプレッション
Nanoporeシーケンサーは、DNAを一分子ずつ小さな穴（nanopore）を通し、AGCTの塩基が通る際の電流変化の違いを利用してDNAの塩基配列を解読しようとする、次次世代（？）のシーケンサーです。DNAを断片化し…
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Cas9は試験管内でもDNAを(めっちゃ)切る!?
CRISPR-Cas9によるゲノム編集技術、近いうちに間違いなくノーベル賞をとる革新的技術です。我が酵母においても、この技術を使って盛んにゲノムの大規模な編集が行われ、毎日のように論文が出ています。私も一応この実験系を動…
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酵母の遺伝子ライブラリーあれこれ (1)
このエントリー（シリーズ）では、出芽酵母（S. cerevisiae）の遺伝子を対象として作られてきた（そして手に入る）遺伝子ライブラリーについてまとめていきたいと思います。長くなったのでエントリーを分けて書いていきます…
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大腸菌で思いっきりGFPを発現してみた
以前、酵母で死ぬほどGFPを発現してみたら酵母のコロニーが幻想的な緑色になることをこのブログで書きました。今回、たまたま大腸菌で思いっきりGFPを発現する機会がありましたので、その観察結果を。条件は、pGLO in TO…
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