遺伝子発現量を正確に予言するAIが生まれた（1/n）
震撼ものの論文の紹介です。前回に続いて、AI（Deep Learning）がもたらした変革についてのエントリーです。 Vaishnav ED, de Boer CG, Molinet J, Yassour M, Fan …
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テクノロジー
AlphaFold2は「3Dプリンターでタンパク質を打ち出してみよう業界」にも変革をもたらした
待ち望まれた構造予測のツール AlphaFold2 (AF2) 最近の生命科学において最も大きなトピックは、AIによるタンパク質の構造予測の実現、すなわちAlphaFold2（AF2）の登場だと思います。これは何十年も待…
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WTC846：これで決まり（？！）な酵母の転写制御システム
bioRxivに掲載されている、非常に優れた出芽酵母の転写制御システムの論文です（追記：eLifeに出版されました）。 A precisely adjustable, variation-suppressed eukar…
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クライオEMがタンパク質３Dプリンティングに与えた衝撃
今回も、なぜか（？）あまり人気の無いタンパク質３Dプリンティングのエントリーです。 2017年のノーベル化学賞の受賞対象ともなったクライオEM（低温電子顕微鏡法）によって、次々とタンパク質の構造が明らかになっています。ク…
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酵母でSARS-CoV-2ゲノムを再構築
相同組換え活性の強い出芽酵母は、初めての合成ゲノムの構築に用いられました。酵母で容易にDNAを連結できることは古くから知られていましたが、この1000kbにも及ぶマイコプラズマゲノムの再構築によって、酵母で長鎖のDNAを…
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YeastSpotter：出芽酵母細胞を認識するツール
はじめに 画像上に存在する物体を認識・分離することを「セグメンテーション」と言い、セグメンテーションされた物体は「オブジェクト化」されたと言います。セグメンテーションは画像解析の第一歩であるとともに、最も重要な処理でもあ…
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“ちょうどいい感じ”のDNAの3Dモデル
久しぶりの3Dプリンターシリーズ（？）です。 今回はずばりDNA！！ 講義での話ですが、DNAの持つ特徴、ポリヌクレオチドであることや二重らせんのヒモであることを説明するときに模型があるととても便利です。 ヒモとしての性…
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ミトコンドリアの進化に向けた酵母の細胞内共生体の作成
Engineering yeast endosymbionts as a step toward the evolution of mitochondria. Mehta AP, Supekova L, Che…
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酵母ミトコンドリアの（ちゃんとした）タンパク質カタログ
Landscape of submitochondrial protein distribution.Vögtle FN, Burkhart JM, Gonczarowska-Jorge H, Kücükköse C, …
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システムバイオロジー, テクノロジー, 大規模解析, 論文, 酵母
微生物実験でのイエローチップの（驚くべき）使い方
今日は実験手法についてのエントリーです。 マイクロピペッター用のイエローチップ、私の研究室では微生物実験に使っています。下の写真は大腸菌の液体培養。ピペットマンにイエローチップをつけて、チップで寒天培地上のコロニーをちょ…
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