WTC846：これで決まり（？！）な酵母の転写制御システム
A precisely adjustable, variation-suppressed eukaryotic transcriptional controller to enable genetic discovery…
Read more
テクノロジー
クライオEMがタンパク質３Dプリンティングに与えた衝撃
今回も、なぜか（？）あまり人気の無いタンパク質３Dプリンティングのエントリーです。 2017年のノーベル化学賞の受賞対象ともなったクライオEM（低温電子顕微鏡法）によって、次々とタンパク質の構造が明らかになっています。ク…
Read more
酵母でSARS-CoV-2ゲノムを再構築
相同組換え活性の強い出芽酵母は、初めての合成ゲノムの構築に用いられました。酵母で容易にDNAを連結できることは古くから知られていましたが、この1000kbにも及ぶマイコプラズマゲノムの再構築によって、酵母で長鎖のDNAを…
Read more
YeastSpotter：出芽酵母細胞を認識するツール
はじめに 画像上に存在する物体を認識・分離することを「セグメンテーション」と言い、セグメンテーションされた物体は「オブジェクト化」されたと言います。セグメンテーションは画像解析の第一歩であるとともに、最も重要な処理でもあ…
Read more
“ちょうどいい感じ”のDNAの3Dモデル
久しぶりの3Dプリンターシリーズ（？）です。 今回はずばりDNA！！ 講義での話ですが、DNAの持つ特徴、ポリヌクレオチドであることや二重らせんのヒモであることを説明するときに模型があるととても便利です。 ヒモとしての性…
Read more
ミトコンドリアの進化に向けた酵母の細胞内共生体の作成
Engineering yeast endosymbionts as a step toward the evolution of mitochondria. Mehta AP, Supekova L, Che…
Read more
酵母ミトコンドリアの（ちゃんとした）タンパク質カタログ
Landscape of submitochondrial protein distribution.Vögtle FN, Burkhart JM, Gonczarowska-Jorge H, Kücükköse C, …
Read more
システムバイオロジー, テクノロジー, 大規模解析, 論文, 酵母
微生物実験でのイエローチップの（驚くべき）使い方
今日は実験手法についてのエントリーです。 マイクロピペッター用のイエローチップ、私の研究室では微生物実験に使っています。下の写真は大腸菌の液体培養。ピペットマンにイエローチップをつけて、チップで寒天培地上のコロニーをちょ…
Read more
（現在最強の）タンパク質局在データベース
出芽酵母（S.cerevisiae）のタンパク質の局在解析については、USCF（当時）のErin O’Sheaらの金字塔的研究が有名です（文献１）。出芽酵母のほぼすべてのタンパク質をGFP融合タンパク質として…
Read more
ウェブページ, システムバイオロジー, テクノロジー, 大規模解析, 酵母
「人工酵母菌ゲノム開発プロジェクト」について少し解説
以前このブログで紹介した、「酵母の染色体を人間が全部作り直そう」というプロジェクトは、その後、国際プロジェクト「Synthetic Yeast 2.0（Sc2.0）」に発展し、2017年3月には30％が終了したという中間…
Read more