改変型GFPはウエスタンでの検出でも優れている？
よくわからない実験結果がでたのでここにアップします。 これまでずっとyEGFPという酵母のコドンに最適化したEGFP（enhanced GFP）を使ってきたのですが、最近さらにフォールディングが早いGFPを使い始めました…
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テクノロジー
遺伝子が発現しない？
最近、Twitterのタイムラインに「発現小町」というネタが流れてきました。 「この遺伝子が全然発現していないようなのですがいったいどうなっているのでしょうか」「あ、ここにストップコドンが入っちゃってます。」「ご指摘，あ…
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「赤色蛍光タンパク質 yEmRFP/mCherry が切れちゃう謎」が解決した
蛍光タンパク質は今の分子生物学実験にはなくてはならない重要なツールです。一番初めに見つかった蛍光タンパク質は下村脩先生が発見したクラゲの緑色蛍光タンパク質（GFP、図1）で、様々な研究に使われているのはご存知のことかと思…
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ホルモンを利用した新しい遺伝子発現制御システム
酵母コロキアムに以前私が投稿した内容に改変・追記して載せています。 Fast-acting and nearly gratuitous induction of gene expression and protein d…
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システムバイオロジー, テクノロジー, 実験結果, 論文, 酵母
Selective ploidy ablation: プラスミドをハイスループットに移す方法
Selective ploidy ablation, a high-throughput plasmid transfer protocol, identifies new genes affecting topoiso…
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システムバイオロジー, テクノロジー, 覚え書き, 論文, 酵母
Proteomap : プロテオームを可視化する新しい方法
Visual account of protein investment in cellular functions. Liebermeister W, Noor E, Flamholz A, Davidi D, Ber…
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ウェブページ, システムバイオロジー, ソフトウェア, テクノロジー, 論文
岐路に立つ酵母の栄養要求性マーカー
酵母の遺伝子組み換え実験で古くから用いられてきたものに、栄養要求性（auxotrophic）マーカーがあります。 例えば、染色体上のロイシンの合成酵素の遺伝子LEU2を壊した株では、自身でロイシンを合成できないためロイシ…
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3D printerでタンパク質の立体構造モデルを作る。
私は、標的のタンパク質の遺伝子に（構造に基づいた）変異を入れてその効果を調べるとか、そのタンパク質がどれくらい発現しているのかとか、そのタンパク質が別のタンパク質と結合するのか、といったことを調べていて、タンパク質の構造…
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エクセルのグラフ機能で電気泳動のバンドサイズを評価する
多数のサイズの違うサンプルを電気泳動した時に、そのサイズがちゃんとあっているかを皆さんはどうやって評価しているでしょうか？ 下の泳動像は私たちの実際のサンプルです。コロニーPCRでインサートのDNA断片を増幅し、アガロー…
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酵母のSTAP現象、ではなく自家蛍光を観察する。
ちまたで騒がれているSTAP現象、「死んだ細胞の自家蛍光をOct4-GFPの蛍光と勘違いしているんじゃないか」という話もよく耳にします。 実際、Youtubeに上げられている動画をじっくり見てみると、緑色に光り始める細胞…
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