RNAseqとマイクロアレイによるmRNAの定量ーある解析例
別件で、自前でとったマイクロアレイによるmRNAの発現量の解析データと、パブリッシュされているRNAseqによる同様なデータを比較する機会があったので、覚え書きの意味も含めてブログに書いておきます。 まず、条件ですが、私…
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テクノロジー
分裂酵母で“使える”誘導型のプロモーターが見つかるのはいつの日か？
遺伝子の発現を自在にON/OFFできるプロモーターがあれば、そのプロモーターの制御下に自分の興味のある遺伝子をおいてやることで、その遺伝子の機能を多方面で調べることができます。 必須の遺伝子であれば、ON→OFF時にどん…
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遺伝子発現差解析はマイクロアレイ？、それともRNAseq？
最近、マイクロアレイを使った遺伝子発現差解析をやりました。解析自体は受託解析なのでこちらはRNAサンプルを準備しただけです。時間はかかりましたがきれいなデータが帰ってきました。 ただこの時に気になったのは、マイクロアレイ…
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遺伝子型から表現型を予測する全細胞レベルのコンピュータモデル
A whole-cell computational model predicts phenotype from genotype. Karr JR, Sanghvi JC, Macklin DN, Gutschow M…
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システムバイオロジー, テクノロジー, モデリング, 論文
集団レベルと単一細胞レベルにおける、モデル予測による遺伝子発現の長期的な制御
Long-term model predictive control of gene expression at the population and single-cell levels. Uhlendorf J, M…
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システムバイオロジー, テクノロジー, モデリング, 論文, 酵母
Mendeleyがもたらす研究革命？
TwitterでMendeleyのことについて盛り上がったのでちょっと書いてみます。 まず、Mendeleyが革命的だということは、このWIRED NEWSの記事を読んでもらえると分かると思います。 どうです？革命感がひ…
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酵母で機能し、設計に応じて表現型の多様性を生み出す合成染色体腕
Synthetic chromosome arms function in yeast and generate phenotypic diversity by design. Dymond JS, Richardson…
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システムバイオロジー, テクノロジー, 論文, 酵母
論文の図とレジェンドに見る悪しき伝統
学術論文を読んだり書いたりしていてイライラさせられることがあります。それは、図（Figure）とその説明文（Legend）に見られる悪しき伝統です。 以下の例を見てください。 次にもう１つの例です。 ぱっと見てすぐに理解…
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「ジンクピリチオン祭り in 分子生物学会」前夜祭 on Twitter
今回は宣伝です。 以前このブログで紹介した近藤滋氏が細胞工学で連載されている「生命科学の明日はどっちだ」のライブイベント、「ジンクピリチオン祭り」が分子生物学会でひらかれることになりました。 現在実際に大きな研究グラント…
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Bioneerで売っている分裂酵母の破壊株の注意点
分裂酵母では、2010年にめでたく全遺伝子（98.4%）の破壊株が完成したという報告がなされました。 この破壊株とそのセットは、Bioneerという韓国の会社から購入することができます。 ちなみに、これ以前はMSテクノシ…
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