AlphaFold2は「3Dプリンターでタンパク質を打ち出してみよう業界」にも変革をもたらした
待ち望まれた構造予測のツール AlphaFold2 (AF2) 最近の生命科学において最も大きなトピックは、AIによるタンパク質の構造予測の実現、すなわちAlphaFold2（AF2）の登場だと思います。これは何十年も待…
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用語解説
シリーズ過剰発現・第11回「デノボ遺伝子誕生」
シリーズ過剰発現の「1. 過剰発現を理解するための背景」の最後のエントリーです。過剰発現について解説していくはずが、少し話がそれて遺伝子の定義の話になっています。その最後、最近の話題として、「デノボ遺伝子誕生」を解説しよ…
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YeastSpotter：出芽酵母細胞を認識するツール
はじめに 画像上に存在する物体を認識・分離することを「セグメンテーション」と言い、セグメンテーションされた物体は「オブジェクト化」されたと言います。セグメンテーションは画像解析の第一歩であるとともに、最も重要な処理でもあ…
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パスツール効果なんて存在しない？(２)
以前、「パスツール効果なんて存在しない？」というエントリーを書きました。要約すると「高校生物の教科書に書かれている『パスツール効果』は、S. cerevisiae（#1）の通常の培養条件では観察されない」というものです。…
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“KOD”ポリメラーゼに対する認識の世代間格差？
TOYOBOが販売しているPCR用の耐熱性DNAポリメラーゼに「KOD DNAポリメラーゼ」というものがあります。正確性や伸長性が高いということで利用価値が高く、この改良版が次々と販売されてきました。 KOD -plus…
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「過剰発現」で最も引用されている論文
覚書です。 「過剰発現」で最も引用されている論文はどんなものでしょうか？ Google Scholarで検索したトップファイブを以下にリストします。 上位３位が、がんに関係するもの。がんで見られる特定のタンパク質の過剰発…
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制限酵素のイタリック表記は必要ない
このブログ、自分の覚書のためにも書くことにしています。読者の皆さんにとっては、「え！？そんなことも知らなかったの？」とか「は？それが何か？」と思われる内容もあるかもしれません。 でも、私が長年知らなかった（あるいは忘れて…
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遺伝子が発現しない？
最近、Twitterのタイムラインに「発現小町」というネタが流れてきました。 「この遺伝子が全然発現していないようなのですがいったいどうなっているのでしょうか」「あ、ここにストップコドンが入っちゃってます。」「ご指摘，あ…
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ロバストネスとは何か
書き物をしていて「ロバストネス」をちゃんと説明する必要があると感じたのですがスペースがなかったので、とりあえずブログにアップします。今後このボリュームをふくらませていくつもりです。ロバストネスについては守屋の個人的ページ…
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岐路に立つ酵母の栄養要求性マーカー
酵母の遺伝子組み換え実験で古くから用いられてきたものに、栄養要求性（auxotrophic）マーカーがあります。 例えば、染色体上のロイシンの合成酵素の遺伝子LEU2を壊した株では、自身でロイシンを合成できないためロイシ…
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