Cloning whole bacterial genomes in yeast.

Benders GA, Noskov VN, Denisova EA, Lartigue C, Gibson DG, Assad-Garcia N, Chuang RY, Carrera W, Moodie M, Algire MA, Phan Q, Alperovich N, Vashee S, Merryman C, Venter JC, Smith HO, Glass JI, Hutchison CA 3rd.

Synthetic Biology and Bioenergy Group, The J. Craig Venter Institute, San Diego, CA 92121 and Synthetic Biology and Bioenergy Group, The J. Craig Venter Institute, Rockville, MD 20850, USA.

Nucleic Acids Res. 2010 Mar 7. [Epub ahead of print]

PMID: 20211840

ヒトゲノム解析で名を馳せた、Graig Venter氏の最近のお気に入りは、バクテリアゲノムの再構築。これを酵母の中でやる。この話はScience誌に掲載されて大きな話題をよんだが、本論文はこの構築の過程で使う、酵母の相同組換え活性(Gap-Repair)を利用した酵母細胞内での巨大ゲノムの再構築法の詳細について述べた論文。

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もう少し調べてみたところ、同じグループから、One-step assembly in yeast of 25 overlapping DNA fragments to form a complete synthetic Mycoplasma genitalium genome という論文が、2008年12月にPNASに発表されていた。オーバーラップは、80bp~程度。

つまり、出芽酵母の相同組換えを利用したクローニング(GRC)の現在の最高到達点は、25断片、1Mbpだと言うことになる。私たちもGRCでプラスミドを構築しているが、数kbで数断片を結合しているだけで喜んでいる場合ではない、ということになる。

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