CellDesigner4.x 使用日記

***2013.1.23(ver.4.3beta on Windows8)

-Windows8搭載のタブレットPCで、タブレット操作を試してみた。・・・結局のところタブレットのメリットは今のところあまりなさそう。マップの拡大・縮小、移動などはタブレットに対応していないので。

***2013.1.23 (ver.4.3beta on Mac)

-4.3betaがでていたので使ってみた。標準のSOSlibソルバーではエラーがでていたシミュレーションが再び動くように。これは助かる。以前と同じようのCOPASIソルバーでもちゃんと動いております。まちがいでした。やっぱり使えなかった。どうも改変したモデルではちゃんと動く様で、そこに動かないヒントがあるよう。

***2011.5.23 (ver.4.1 on Mac)

-講義でCellDesignerでのシミュレーションをやったら、定数をReactionの式に入れられなかったBug/仕様(?)が、元に戻っている(定数が使えるようになっている)事が判明・・・beta板で無くなったことによるようで、2010/6/30にすでにbetaが外れていた模様・・・。

-相変わらず特定のシミュレーションをやるとシミュレーションがフリーズする。特に簡単なモデルでも、Num. of Pointsを細かく設定し、Change amountの操作をすると固まる。

以下は、以前のweb pageからとってきた使用日記

***2011.4.12 (ver.4.1beta on Mac)

-いつの間にやらいろいろと制約が出ているような。特に定数をReaction等の式に入れることができなくなった(全部パラメーターかせよという事か)。

-覚え書き:pow(K1, n)

-Scatter Chartって前からあったかな?これは非常にインプレッシブ

***2008.8.21(ver.4.0.1)

-モデルの書き込みの部分がずいぶんと良くなっている。

-いつのまにかRules, Events, Functionsなど完全対応している。

-Functionの例

|id|name|arguments|math|h
|F1|Function1|x|2*x|

これで、GKfunctionも怖くない!?

-Eventの例

|id|name|trigger|delay|variables|h
|Ev1|Event1|gt(s4,4)|0|s2|

–gt = greater than, lt = less than, eq = equal など [[MathML:http://washitake.com/MathML/ver2/chapter4.html#contm_gt]]の記述方式に準拠している。

-4.0betaの時には動いたシミュレーションが動かなくなった!

–[Error -1 (CVODE)] The cvode_mem argument was NULL

...こういうことが起きるのがフリーウェアの怖いところ。

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