細胞あたりのタンパク質の分子数はいくつ？
1つの細胞あたりどれくらいのタンパク質（分子数）があるのでしょうか？ これは割と単純な問いですが、研究者でもぱっと応えられる人は多くないように思います。 細胞の体積あたりのタンパク質の重量とタンパク質の平均のアミノ酸数か…
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エッセイ, システムバイオロジー, 覚え書き, 酵母
覚え書き
「過剰発現」で最も引用されている論文
覚書です。 「過剰発現」で最も引用されている論文はどんなものでしょうか？ Google Scholarで検索したトップファイブを以下にリストします。 上位３位が、がんに関係するもの。がんで見られる特定のタンパク質の過剰発…
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制限酵素のイタリック表記は必要ない
このブログ、自分の覚書のためにも書くことにしています。読者の皆さんにとっては、「え！？そんなことも知らなかったの？」とか「は？それが何か？」と思われる内容もあるかもしれません。 でも、私が長年知らなかった（あるいは忘れて…
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改変型GFPはウエスタンでの検出でも優れている？
よくわからない実験結果がでたのでここにアップします。 これまでずっとyEGFPという酵母のコドンに最適化したEGFP（enhanced GFP）を使ってきたのですが、最近さらにフォールディングが早いGFPを使い始めました…
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Selective ploidy ablation: プラスミドをハイスループットに移す方法
Selective ploidy ablation, a high-throughput plasmid transfer protocol, identifies new genes affecting topoiso…
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システムバイオロジー, テクノロジー, 覚え書き, 論文, 酵母
BYシリーズ酵母株のためのゴールドスタンダード完全培地
実験室での微生物の培養には、それぞれの微生物に適した培地が使われます。私たちが使っている出芽酵母（Saccharomyces cerevisiae）の場合、富栄養培地としてYPD（yeast extract, pepto…
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システムバイオロジー, 要チェック論文, 覚え書き, 論文, 酵母
酵母の増殖フェーズとGFPの蛍光の変化
今回は、「論文として公開するほどのデーターではないが、公開しておいたら誰かの役に立つかもしれない実験結果」のエントリーです。 私たちの研究室では、yEGFP（酵母に最適化した強化型緑色蛍光タンパク質）を発現している酵母細…
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leu2-3,-112の変異の場所
覚え書きです。 出芽酵母 S. cerevisiae のW303等の実験室株に入っているLEU2遺伝子の変異に、leu2-3,-112があります。2箇所にフレームシフト変異を入れることで復帰を起こしにくくしたアリルらしい…
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CellDesigner4.3で描いたダイアグラムのファイルが開かなくなる現象への対応
とある講義で、以下のダイアグラムをCellDesigner4.3で描いてファイルを保存してメールで送ってもらうという課題をだしました。 出張講義だった都合もあり、CellDesigner4.3の使い方はほぼ解説しない上で…
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Wikipediaの「シグナル配列」はどこから来たのか？
シグナルペプチドとは、そもそもの意味は小胞輸送されるタンパク質が、合成されるときに小胞体に入り込むための「シグナル」となるN末端の短いアミノ酸配列のことです。Wikipediaでシグナルペプチドを調べてみると、今はどうや…
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