サイトマップ 固定ページ 新着記事 このサイトについて 更新記録 カテゴリー別の記事 投稿3DプリンターAlphaFold2は「3Dプリンターでタンパク質を打ち出してみよう業界」にも変革をもたらしたクライオEMがタンパク質３Dプリンティングに与えた衝撃DNAポリメラーゼの3Dモデルから学ぶこと？“ちょうどいい感じ”のDNAの3Dモデル「モデル」としてすばらしいリボソームの３Ｄモデル暗闇で光る酵母（のモデル）は相当かわいいブラックライトで蛍光を発する蛍光タンパク質モデルを3Dプリンターで作ってみたウェブページYeastSpotter：出芽酵母細胞を認識するツール（現在最強の）タンパク質局在データベース細胞周期のダイナミクスは「鹿威し原理」で動いている、という話。Proteomap : プロテオームを可視化する新しい方法Wikipediaの「シグナル配列」はどこから来たのか？David Goodsell氏が変えるかもしれない「細胞・タンパク質」のイメージgTOW6000論文・超（長）解説を書きました。Mendeleyがもたらす研究革命？「ジンクピリチオン祭り in 分子生物学会」前夜祭 on Twitter「酵母コロキアム」始めました＆皆さん参加よろしくお願いします。合成遺伝子で「コドンの最適化」をどう行なうのか？２つのInternational Conference on Systems Biology近藤滋氏が細胞工学に「生命科学の明日はどっちだ」を連載中Uri AlonによるSystems BiologyのLecture「ETロボコンではじめるシステム制御」で始めるシステム生物学？【海外サイエンス・実況中継】注目される研究分野・研究者と求められる人材 ～ システムバイオロジー ～細胞夜話エッセイ実は酵母はモケモケだと言う話多様な酵母株を調査して異数性維持のメカニズムを知るそれはスクリーニング？ それともプロファイリング？「システムバイオロジー」という研究志向パスツール効果なんて存在しない？(２)大腸菌の形質転換ではヒートショックも後培養もいらない（こともある）細胞あたりのタンパク質の分子数はいくつ？“KOD”ポリメラーゼに対する認識の世代間格差？あなたがやっているのが分子生物学かシステム生物学かすぐに見分けられる質問制限酵素のイタリック表記は必要ない解説記事「細胞のタンパク質発現のリソース配分とキャパシティ」を化学と生物に書きました。濃度依存的な液相分離はタンパク質の発現上昇にともなう毒性の原因となる遺伝子が発現しない？次の酵母研究を牽引するのは「進化実験」だ。遺伝子の必須性は細胞の進化可能性にリンクした定量的特性である過剰発現実験の定量的側面岐路に立つ酵母の栄養要求性マーカー3D printerでタンパク質の立体構造モデルを作る。「摂動」から始めるべき？酵母の熱ショックでの生存に必要な遺伝子は、代謝や信号伝達に関わっていて、熱ショックで誘導される遺伝子とはほとんど一致しない。「分子生物学」とはどんな学問分野なのか（システム生物学との対比として）？Wikipediaの「シグナル配列」はどこから来たのか？gTOW6000論文・超（長）解説を書きました。遺伝子発現差解析はマイクロアレイ？、それともRNAseq？「パスツール効果」なんて存在しない？和製英文誌のインパクトファクターをあげる努力「Systems Biology」の定義論文の図とレジェンドに見る悪しき伝統「生命科学者の伝記を読む」仲野 徹ジンクピリチオンの分子生物学的な効果不誠実な研究発表「矛盾した制御ループ（iFFL）」と「理にかなった制御ループ（cFFL）」近藤滋氏が細胞工学に「生命科学の明日はどっちだ」を連載中必須な遺伝子と病気の原因遺伝子細胞周期と概日リズムに関するとある議論CREST「生命システムの動作原理と基盤技術」シンポジウムに参加して「生命動態システム科学」とは？システムバイオロジー分生シンポ「システム生物学大反省会」をなぜ今行うのか？遺伝子発現量を正確に預言するAIが生まれた（2/n）ー預言を検証してみる酵母ミトコンドリアの（ちゃんとした）タンパク質カタログそれはスクリーニング？ それともプロファイリング？（現在最強の）タンパク質局在データベース「システムバイオロジー」という研究志向ディープラーニングによる細胞の階層的構造や機能のモデル化タンパク質を発現量で分けて眺めるだけでも面白い細胞あたりのタンパク質の分子数はいくつ？細胞周期のダイナミクスは「鹿威し原理」で動いている、という話。遺伝子重複は、頑健性ではなく脆弱性を酵母のタンパク質相互作用ネットワークに付与する。生命システムの美あなたがやっているのが分子生物学かシステム生物学かすぐに見分けられる質問遺伝子発現レベルが増殖に及ぼす効果の大規模並列調査解説記事「細胞のタンパク質発現のリソース配分とキャパシティ」を化学と生物に書きました。濃度依存的な液相分離はタンパク質の発現上昇にともなう毒性の原因となる次の酵母研究を牽引するのは「進化実験」だ。遺伝子の必須性は細胞の進化可能性にリンクした定量的特性である過剰発現実験の定量的側面ロバストネスとは何かホルモンを利用した新しい遺伝子発現制御システムSelective ploidy ablation: プラスミドをハイスループットに移す方法Proteomap : プロテオームを可視化する新しい方法BYシリーズ酵母株のためのゴールドスタンダード完全培地岐路に立つ酵母の栄養要求性マーカーコドンの最適度はmRNAの安定性を決める主要な要因である。原始遺伝子と遺伝子の新生「摂動」から始めるべき？タンパク質合成速度の絶対定量により、細胞のリソース配分の原理が明らかになった。CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（４ 最終回）CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（３）CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（２）CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（１）スピンドルチェックポイントのロバストネスを決める要因出芽酵母と（分裂酵母とHeLa細胞）のタンパク質のコピー数測定出芽酵母の統合的フェノミクスによって明らかになった表現型多様性の構造酵母の熱ショックでの生存に必要な遺伝子は、代謝や信号伝達に関わっていて、熱ショックで誘導される遺伝子とはほとんど一致しない。「分子生物学」とはどんな学問分野なのか（システム生物学との対比として）？遺伝子発現は円を描く。mRNA分解に関わる因子はmRNA合成も手伝う。出芽酵母のすべての「ターミネーター」の活性測定バーコード化された過剰発現系を使った酵母の遺伝子機能解析酵母のダイオキシックシフトのマルチオミックス解析gTOW6000論文・超（長）解説を書きました。遺伝子型から表現型を予測する全細胞レベルのコンピュータモデル集団レベルと単一細胞レベルにおける、モデル予測による遺伝子発現の長期的な制御タンパク質のダイナミクスを測る、蛍光蛋白質タイマー負のフィードバックは、酵母の転写因子制御に「変異に対するロバストネス」を付与する。「Systems Biology」の定義酵母で機能し、設計に応じて表現型の多様性を生み出す合成染色体腕不誠実な研究発表 1 2 Next シリーズ過剰発現シリーズ過剰発現・第11回「デノボ遺伝子誕生」シリーズ過剰発現・第10回「怪しいORFの面白さ」シリーズ過剰発現・第9回「怪しいORF」シリーズ過剰発現・第8回「遺伝子・ORFはどのように決められるか？」シリーズ過剰発現・第7回「体系的な増殖速度の測定」シリーズ過剰発現・コンテンツシリーズ過剰発現・第6回「異数体の解析」シリーズ過剰発現・第5回「過剰発現に用いられるプロモーター」シリーズ過剰発現・第4回「過剰発現ライブラリーの種類」シリーズ過剰発現・第3回「過剰発現を起こす3つの方法 」シリーズ過剰発現・第2回「遺伝学の３つのフェーズ」シリーズ過剰発現・第1回「過剰発現とは？」ソフトウェア遺伝子発現量を正確に預言するAIが生まれた（2/n）ー預言を検証してみるYeastSpotter：出芽酵母細胞を認識するツールProteomap : プロテオームを可視化する新しい方法エクセルのグラフ機能で電気泳動のバンドサイズを評価するCellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（４ 最終回）CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（３）CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（２）CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（１）CellDesigner4.3で描いたダイアグラムのファイルが開かなくなる現象への対応Mendeleyがもたらす研究革命？CellDesigner4.x 使用日記テクノロジー出芽酵母の最強プロモーターを作るイエローチップの（驚くべき）使い方：番外編活動しない人工染色体が教えてくれること遺伝子発現量を正確に預言するAIが生まれた（2/n）ー預言を検証してみる遺伝子発現量を正確に予言するAIが生まれた（1/n）AlphaFold2は「3Dプリンターでタンパク質を打ち出してみよう業界」にも変革をもたらしたGather.townで100人規模の研究会を行ったWTC846：これで決まり（？！）な酵母の転写制御システムクライオEMがタンパク質３Dプリンティングに与えた衝撃酵母でSARS-CoV-2ゲノムを再構築YeastSpotter：出芽酵母細胞を認識するツール“ちょうどいい感じ”のDNAの3Dモデルミトコンドリアの進化に向けた酵母の細胞内共生体の作成酵母ミトコンドリアの（ちゃんとした）タンパク質カタログ微生物実験でのイエローチップの（驚くべき）使い方（現在最強の）タンパク質局在データベース「人工酵母菌ゲノム開発プロジェクト」について少し解説ディープラーニングによる細胞の階層的構造や機能のモデル化ナノポアシーケンサーMinIONインプレッションCas9は試験管内でもDNAを(めっちゃ)切る!?酵母の遺伝子ライブラリーあれこれ (1)大腸菌で思いっきりGFPを発現してみた大腸菌の形質転換ではヒートショックも後培養もいらない（こともある）タンパク質を発現量で分けて眺めるだけでも面白い死ぬほどGFPを発現している酵母はミドリゾウリムシに食われることで科学に貢献する細胞周期のダイナミクスは「鹿威し原理」で動いている、という話。“KOD”ポリメラーゼに対する認識の世代間格差？ウエスタンブロッティング、自動化への道（その１）暗闇で光る酵母（のモデル）は相当かわいい遺伝子発現レベルが増殖に及ぼす効果の大規模並列調査改変型GFPはウエスタンでの検出でも優れている？遺伝子が発現しない？「赤色蛍光タンパク質 yEmRFP/mCherry が切れちゃう謎」が解決したホルモンを利用した新しい遺伝子発現制御システムSelective ploidy ablation: プラスミドをハイスループットに移す方法Proteomap : プロテオームを可視化する新しい方法岐路に立つ酵母の栄養要求性マーカー3D printerでタンパク質の立体構造モデルを作る。エクセルのグラフ機能で電気泳動のバンドサイズを評価する酵母のSTAP現象、ではなく自家蛍光を観察する。CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（２）CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（１）出芽酵母の統合的フェノミクスによって明らかになった表現型多様性の構造マイクロチップ電気泳動装置は、アガロースゲル電気泳動に置きかわれるか？CellDesigner4.3で描いたダイアグラムのファイルが開かなくなる現象への対応RNAseqとマイクロアレイによるmRNAの定量ーある解析例分裂酵母で“使える”誘導型のプロモーターが見つかるのはいつの日か？遺伝子発現差解析はマイクロアレイ？、それともRNAseq？遺伝子型から表現型を予測する全細胞レベルのコンピュータモデル集団レベルと単一細胞レベルにおける、モデル予測による遺伝子発現の長期的な制御 1 2 Next プレゼン資料きっとうまく行くプレゼンスライドの作り方それはスクリーニング？ それともプロファイリング？「モデル」としてすばらしいリボソームの３Ｄモデル技術としてのプレゼンテーションモデリング「システムバイオロジー」という研究志向ディープラーニングによる細胞の階層的構造や機能のモデル化CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（４ 最終回）CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（３）CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（２）CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（１）出芽酵母の統合的フェノミクスによって明らかになった表現型多様性の構造酵母のダイオキシックシフトのマルチオミックス解析遺伝子型から表現型を予測する全細胞レベルのコンピュータモデル集団レベルと単一細胞レベルにおける、モデル予測による遺伝子発現の長期的な制御CellDesigner4.x 使用日記「ETロボコンではじめるシステム制御」で始めるシステム生物学？システムバイオロジーレベルのモデルは、真にAnalyticalでPredictableなのか？ロバストネス遺伝子重複は、頑健性ではなく脆弱性を酵母のタンパク質相互作用ネットワークに付与する。遺伝子発現レベルが増殖に及ぼす効果の大規模並列調査解説記事「細胞のタンパク質発現のリソース配分とキャパシティ」を化学と生物に書きました。遺伝子の必須性は細胞の進化可能性にリンクした定量的特性である過剰発現実験の定量的側面ロバストネスとは何か「摂動」から始めるべき？スピンドルチェックポイントのロバストネスを決める要因遺伝子発現は円を描く。mRNA分解に関わる因子はmRNA合成も手伝う。gTOW6000論文・超（長）解説を書きました。負のフィードバックは、酵母の転写因子制御に「変異に対するロバストネス」を付与する。分子機械の複雑さを増やす方向への進化近藤滋氏が細胞工学に「生命科学の明日はどっちだ」を連載中The evolution of fungal drug resistance: modulating the trajectory from genotype to phenotype”Fragile”という言葉”Robustness: mechanisms and consequences”人物イエローチップの（驚くべき）使い方：番外編追悼：Angelika Amon氏野生の酵母が異数性に強い理由（というより実験室酵母が異数性に弱い理由）が判明したそれはスクリーニング？ それともプロファイリング？大隅先生ノーベル賞受賞記念、「酵母 vs ウーパールーパースライドを公開します。David Goodsell氏が変えるかもしれない「細胞・タンパク質」のイメージgTOW6000論文・超（長）解説を書きました。和製英文誌のインパクトファクターをあげる努力「生命科学者の伝記を読む」仲野 徹不誠実な研究発表「酵母コロキアム」始めました＆皆さん参加よろしくお願いします。“Working in yeast… the rate-limiting step is your brain.”近藤滋氏が細胞工学に「生命科学の明日はどっちだ」を連載中Uri AlonによるSystems BiologyのLecture日本農芸化学会中国支部 第14回市民フォーラム酵母を用いた細胞周期の解析ーDavid Morgan氏のレクチャー吉田知史（Satoshi Yoshida）Alexander van Oudenaarden会議分生シンポ「システム生物学大反省会」をなぜ今行うのか？Gather.townで100人規模の研究会を行った「酵母研究ルネッサンス2016」を行いました「ジンクピリチオン祭り in 分子生物学会」前夜祭 on Twitter不誠実な研究発表２つのInternational Conference on Systems Biology酵母遺伝学・分子生物学国際会議日本農芸化学会中国支部 第14回市民フォーラムCREST「生命システムの動作原理と基盤技術」シンポジウムに参加してThe 11th Internatinal Conference on Systems Biology 2010名言それはスクリーニング？ それともプロファイリング？「Systems Biology」の定義“Working in yeast… the rate-limiting step is your brain.”大規模解析多様な酵母株を調査して異数性維持のメカニズムを知る遺伝子発現量を正確に予言するAIが生まれた（1/n）酵母ミトコンドリアの（ちゃんとした）タンパク質カタログそれはスクリーニング？ それともプロファイリング？（現在最強の）タンパク質局在データベース酵母の遺伝子ライブラリーあれこれ (2)ナノポアシーケンサーMinIONインプレッション酵母の遺伝子ライブラリーあれこれ (1)タンパク質を発現量で分けて眺めるだけでも面白いトランスポゾンによるローラー作戦でゲノムの機能領域をマッピングする実験結果自然界から酵母をとってくる（後編）出芽酵母の最強プロモーターを作る遺伝子発現量を正確に預言するAIが生まれた（2/n）ー預言を検証してみる微生物実験でのイエローチップの（驚くべき）使い方ナノポアシーケンサーMinIONインプレッションCas9は試験管内でもDNAを(めっちゃ)切る!?大腸菌で思いっきりGFPを発現してみた死ぬほどGFPを発現している酵母はミドリゾウリムシに食われることで科学に貢献するウエスタンブロッティング、自動化への道（その１）改変型GFPはウエスタンでの検出でも優れている？ホルモンを利用した新しい遺伝子発現制御システムエクセルのグラフ機能で電気泳動のバンドサイズを評価する酵母のSTAP現象、ではなく自家蛍光を観察する。酵母の増殖フェーズとGFPの蛍光の変化更新記録出芽酵母の最強プロモーターを作るGather.townで100人規模の研究会を行った酵母研究ルネッサンス令和元年を開催しました出芽酵母遺伝子の機能がすべてKnownになる日異数性細胞は低浸透圧様のストレスを受けている（追記あり）大隅先生ノーベル賞受賞記念、「酵母 vs ウーパールーパースライドを公開します。「摂動」から始めるべき？ゲノム重複とACE2の変異により、出芽酵母は多細胞化し早く沈殿するように進化する。酵母とシステムバイオロジーの国際会議カネカイーストでパン作りBioneerで売っている分裂酵母の破壊株の注意点酵母で死ぬほどGFPを発現してみました。「矛盾した制御ループ（iFFL）」と「理にかなった制御ループ（cFFL）」化学と生物に掲載した「生命システムのロバストネスを探る」がJ-STAGEで公開されました。酵母での配偶子形成は、老化による細胞のダメージを取り除き、寿命をリセットする酵母中心体の細胞周期におけるリン酸プロテオームPukiWiki for WordPress プラグイン本日のブログ更新WordPressでブログを始めます。研究用のブログを始めます。書籍書籍：酵母 生命研究のスーパースター書籍：酵母の生命科学と生物工学「パスツール効果」なんて存在しない？迷惑な進化―病気の遺伝子はどこから来たのか「生命科学者の伝記を読む」仲野 徹近藤滋氏が細胞工学に「生命科学の明日はどっちだ」を連載中Yeast Molecular and Cell Biology酵母のすべてシステム生物学がわかる！ーセルイラストレータを使ってみよう酵母 [究極の細胞]ティンバーゲンのネタを見つけるための「４つの問題」現代生物科学入門８「システムバイオロジー」用語解説AlphaFold2は「3Dプリンターでタンパク質を打ち出してみよう業界」にも変革をもたらしたシリーズ過剰発現・第11回「デノボ遺伝子誕生」YeastSpotter：出芽酵母細胞を認識するツールパスツール効果なんて存在しない？(２)“KOD”ポリメラーゼに対する認識の世代間格差？「過剰発現」で最も引用されている論文制限酵素のイタリック表記は必要ない遺伝子が発現しない？ロバストネスとは何か岐路に立つ酵母の栄養要求性マーカーWikipediaの「シグナル配列」はどこから来たのか？負のフィードバックは、酵母の転写因子制御に「変異に対するロバストネス」を付与する。「Systems Biology」の定義ジンクピリチオンの分子生物学的な効果「矛盾した制御ループ（iFFL）」と「理にかなった制御ループ（cFFL）」統合的なコンピュータモデル、ロバストネスと脆弱性細胞周期YeastSpotter：出芽酵母細胞を認識するツール細胞周期のダイナミクスは「鹿威し原理」で動いている、という話。CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（４ 最終回）CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（３）CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（２）CellDesigner4.3でCell Cycleモデルを再構築してみよう（１）スピンドルチェックポイントのロバストネスを決める要因書籍：酵母 生命研究のスーパースター“Working in yeast… the rate-limiting step is your brain.”最小のCDK制御ネットワークによる細胞周期の駆動細胞周期と概日リズムに関するとある議論Periodic cyclin-Cdk activity entrains an autonomous Cdc14 release oscillator.要チェック論文WTC846：これで決まり（？！）な酵母の転写制御システムディープラーニングによる細胞の階層的構造や機能のモデル化SRPはタンパク質輸送の効率と特異性を決めるトランスポゾンによるローラー作戦でゲノムの機能領域をマッピングするエネルギーが制限された状態では細胞質が固くなる。遺伝子の必須性は細胞の進化可能性にリンクした定量的特性であるBYシリーズ酵母株のためのゴールドスタンダード完全培地コドンの最適度はmRNAの安定性を決める主要な要因である。タンパク質合成速度の絶対定量により、細胞のリソース配分の原理が明らかになった。出芽酵母と（分裂酵母とHeLa細胞）のタンパク質のコピー数測定遺伝子発現は円を描く。mRNA分解に関わる因子はmRNA合成も手伝う。「Systems Biology」の定義今日の要チェック論文覚え書き細胞あたりのタンパク質の分子数はいくつ？「過剰発現」で最も引用されている論文制限酵素のイタリック表記は必要ない改変型GFPはウエスタンでの検出でも優れている？Selective ploidy ablation: プラスミドをハイスループットに移す方法BYシリーズ酵母株のためのゴールドスタンダード完全培地酵母の増殖フェーズとGFPの蛍光の変化leu2-3,-112の変異の場所CellDesigner4.3で描いたダイアグラムのファイルが開かなくなる現象への対応Wikipediaの「シグナル配列」はどこから来たのか？S. cerevisiaeにRNAiマシナリーがない理由RNAseqとマイクロアレイによるmRNAの定量ーある解析例Mendeleyがもたらす研究革命？Macのトラブルいくつか出芽酵母の遺伝子ファミリーの数論文gTOW6000論文・超（長）解説を書きました。分裂酵母で“使える”誘導型のプロモーターが見つかるのはいつの日か？遺伝子型から表現型を予測する全細胞レベルのコンピュータモデル集団レベルと単一細胞レベルにおける、モデル予測による遺伝子発現の長期的な制御タンパク質のダイナミクスを測る、蛍光蛋白質タイマー「パスツール効果」なんて存在しない？Hsp90ストレスは異数性を誘導し、細胞の急速な適応を可能にする。負のフィードバックは、酵母の転写因子制御に「変異に対するロバストネス」を付与する。Mendeleyがもたらす研究革命？和製英文誌のインパクトファクターをあげる努力「Systems Biology」の定義分子機械の複雑さを増やす方向への進化酵母で機能し、設計に応じて表現型の多様性を生み出す合成染色体腕論文の図とレジェンドに見る悪しき伝統出芽酵母の発現ベクターに使えるプロモーターの特性評価最小のCDK制御ネットワークによる細胞周期の駆動分裂酵母の薬剤耐性選択マーカー今日の要チェック論文分裂酵母のプロテオームとトランスクリプトームの比較プロファイリング遺伝子回路におけるネットワーク量補償の一般的メカニズムCell誌 Systems Biology特集号アンチセンスな発現は、遺伝子発現のばらつきと遺伝子ローカスの相互依存性を増加させる。酵母ゲノムの３次元モデルA Consensus of Core Protein Complex Compositions for Saccharomyces cerevisiae.酵母の細胞周期制御に見られる量的不均衡が生み出す脆弱性Alternative splicing of PTC7 in Saccharomyces cerevisiae determines protein localization.Transcript counting in single cells reveals dynamics of rDNA transcription.Moonlighting proteins in yeasts.Cloning whole bacterial genomes in yeast.Plasmid Construction Using Recombination Activity in the Fission Yeast Schizosaccharomyces pombeWhole-genome sequencing of a laboratory-evolved yeast strain.Translation efficiency is determined by both codon bias and folding energy.A circadian clock in Saccharomyces cerevisiae.”Abundance of Ribosomal RNA Gene Copies Maintains Genome Integrity””Robustness: mechanisms and consequences” Previous 1 2 過剰発現多様な酵母株を調査して異数性維持のメカニズムを知る出芽酵母の最強プロモーターを作る異数性による増殖への影響を決める因子を比較モデリングにより明らかにする遺伝子発現量を正確に預言するAIが生まれた（2/n）ー預言を検証してみるWTC846：これで決まり（？！）な酵母の転写制御システム野生の酵母が異数性に強い理由（というより実験室酵母が異数性に弱い理由）が判明した異数性細胞は低浸透圧様のストレスを受けている（追記あり）酵母の遺伝子ライブラリーあれこれ (2)酵母の遺伝子ライブラリーあれこれ (1)大腸菌で思いっきりGFPを発現してみた死ぬほどGFPを発現している酵母はミドリゾウリムシに食われることで科学に貢献する「過剰発現」で最も引用されている論文遺伝子発現レベルが増殖に及ぼす効果の大規模並列調査解説記事「細胞のタンパク質発現のリソース配分とキャパシティ」を化学と生物に書きました。濃度依存的な液相分離はタンパク質の発現上昇にともなう毒性の原因となる酵母実は酵母はモケモケだと言う話自然界から酵母をとってくる（後編）自然界から酵母をとってくる（前編）多様な酵母株を調査して異数性維持のメカニズムを知る出芽酵母の最強プロモーターを作る異数性による増殖への影響を決める因子を比較モデリングにより明らかにする活動しない人工染色体が教えてくれること単細胞の酵母を巨大な「多細胞」に進化させた遺伝子発現量を正確に預言するAIが生まれた（2/n）ー預言を検証してみる遺伝子発現量を正確に予言するAIが生まれた（1/n）WTC846：これで決まり（？！）な酵母の転写制御システム追悼：Angelika Amon氏酵母でSARS-CoV-2ゲノムを再構築野生の酵母が異数性に強い理由（というより実験室酵母が異数性に弱い理由）が判明したYeastSpotter：出芽酵母細胞を認識するツール異数性細胞は低浸透圧様のストレスを受けている（追記あり）ミトコンドリアの進化に向けた酵母の細胞内共生体の作成酵母ミトコンドリアの（ちゃんとした）タンパク質カタログ（現在最強の）タンパク質局在データベース酵母の遺伝子ライブラリーあれこれ (2)「人工酵母菌ゲノム開発プロジェクト」について少し解説ディープラーニングによる細胞の階層的構造や機能のモデル化SRPはタンパク質輸送の効率と特異性を決めるパスツール効果なんて存在しない？(２)ナノポアシーケンサーMinIONインプレッション酵母の遺伝子ライブラリーあれこれ (1)トランスポゾンによるローラー作戦でゲノムの機能領域をマッピングする細胞あたりのタンパク質の分子数はいくつ？死ぬほどGFPを発現している酵母はミドリゾウリムシに食われることで科学に貢献する遺伝子重複は、頑健性ではなく脆弱性を酵母のタンパク質相互作用ネットワークに付与する。暗闇で光る酵母（のモデル）は相当かわいい「酵母研究ルネッサンス2016」を行いました生命システムの美酵母研究ルネッサンス2013メモ遺伝子発現レベルが増殖に及ぼす効果の大規模並列調査大隅先生ノーベル賞受賞記念、「酵母 vs ウーパールーパースライドを公開します。解説記事「細胞のタンパク質発現のリソース配分とキャパシティ」を化学と生物に書きました。濃度依存的な液相分離はタンパク質の発現上昇にともなう毒性の原因となるエネルギーが制限された状態では細胞質が固くなる。次の酵母研究を牽引するのは「進化実験」だ。遺伝子の必須性は細胞の進化可能性にリンクした定量的特性である「赤色蛍光タンパク質 yEmRFP/mCherry が切れちゃう謎」が解決した過剰発現実験の定量的側面ホルモンを利用した新しい遺伝子発現制御システムSelective ploidy ablation: プラスミドをハイスループットに移す方法BYシリーズ酵母株のためのゴールドスタンダード完全培地岐路に立つ酵母の栄養要求性マーカーSaccharomyces cerevisiaeの第VII染色体にコードされている小さな毒性のあるタンパク質コドンの最適度はmRNAの安定性を決める主要な要因である。原始遺伝子と遺伝子の新生 1 2 3 Next (Visited 3,750 times, 3 visits this week)